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万見
- PDB-1uet: Divergent evolutions of trinucleotide polymerization revealed by ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uet
タイトルDivergent evolutions of trinucleotide polymerization revealed by an archaeal CCA-adding enzyme structure
要素tRNA nucleotidyltransferase
キーワードTRANSFERASE / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA 3'-terminal CCA addition / tRNA surveillance / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal ...CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CCA-adding enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nureki, O. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Divergent evolutions of trinucleotide polymerization revealed by an archaeal CCA-adding enzyme structure.
著者: Okabe, M. / Tomita, K. / Ishitani, R. / Ishii, R. / Takeuchi, N. / Arisaka, F. / Nureki, O. / Yokoyama, S.
履歴
登録2003年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6736
ポリマ－51,4691
非ポリマー2045
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: tRNA nucleotidyltransferase
ヘテロ分子

A: tRNA nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,34512
ポリマ－102,9382
非ポリマー40710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area42220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.351, 76.548, 76.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 tRNA nucleotidyltransferase


分子量: 51469.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28126, EC: 2.7.7.25
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13 mg/mlprotein1drop
245 mMTris-HCl1droppH7.8
310.8 %PEG40001drop
4135 mMcalcium acetate1drop
56.3 %1,6-hexanediol1drop
610 mMdithiothreitol1drop
740 mMTris-HCl1reservoirpH7.8
89.6 %PEG40001reservoir
9120 mMcalcium acetate1reservoir
105.6 M1,6-hexanediol1reservoir
110.4 M1reservoirKCl

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.974 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 32180 / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2
反射
*PLUS
Num. obs: 32398 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.3 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→48.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1969248.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3221 10 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 32180 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.8916 Å2 / ksol: 0.35029 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å22.95 Å2
2--4.76 Å20 Å2
3----3.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3559 0 8 304 3871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.861.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.162.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 490 9.8 %
Rwork0.218 4507 -
obs--88.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACETATE.PARAMACETAET.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 32398 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0061
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.54
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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