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- PDB-1u8x: CRYSTAL STRUCTURE OF GLVA FROM BACILLUS SUBTILIS, A METAL-REQUIRI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u8x
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GLVA FROM BACILLUS SUBTILIS, A METAL-REQUIRING, NAD-DEPENDENT 6-PHOSPHO-ALPHA-GLUCOSIDASE
要素Maltose-6'-phosphate glucosidase
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / protein structure initiative / MCSG / GLUCOSIDASE / NAD-DEPENDENT / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


maltose-6'-phosphate glucosidase / maltose-6'-phosphate glucosidase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 4, conserved site / Glycosyl hydrolases family 4 signature. / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Glycoside hydrolase, family 4, conserved site / Glycosyl hydrolases family 4 signature. / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Maltose-6'-phosphate glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Rajan, S.S. / Yang, X. / Collart, F. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Novel Catalytic Mechanism of Glycoside Hydrolysis Based on the Structure of an NAD(+)/Mn(2+)-Dependent Phospho-alpha-Glucosidase from Bacillus subtilis.
著者: Rajan, S.S. / Yang, X. / Collart, F. / Yip, V.L. / Withers, S.G. / Varrot, A. / Thompson, J. / Davies, G.J. / Anderson, W.F.
履歴
登録2004年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年8月24日ID: 1NRH
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Maltose-6'-phosphate glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0634
ポリマ－54,0841
非ポリマー9783
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.604, 102.017, 144.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Maltose-6'-phosphate glucosidase / 6-phospho-alpha-D-glucosidase / 6-phosphoryl-O-alpha-D-glucopyranosyl:phosphoglucohydrolase


分子量: 54084.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: glvA, glvG, glv-1 / プラスミド: PMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54716, maltose-6'-phosphate glucosidase
#2: 糖 ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-Cl, pH8.0, 28% PEG4000, 10% (v/v)glycerol, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 77.4 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 275160 / Num. obs: 38535 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Num. unique all: 2536 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: AUTO-BUILT MODEL FROM RESOLVE

解像度: 2.05→30.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.017 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3655 10 %RANDOM
Rwork0.195 ---
all0.197 33021 --
obs0.197 33021 95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.73 Å20 Å20 Å2
2--3.16 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3449 0 61 162 3672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223587
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.9794871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83237419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8345434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2390.23938
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22068
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2850.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4210.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7431.52175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40623517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19431412
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5764.51354
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 252
Rwork0.245 2156
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67930.0208-0.14810.5291-0.24570.7966-0.1187-0.2596-0.35380.0560.0194-0.09180.19840.03930.09930.18030.0390.03480.10570.1420.192617.802780.742623.1372
21.48860.0871-0.10630.640.02220.7724-0.0449-0.3611-0.05230.12150.0183-0.0406-0.02970.1060.02660.14220.0507-0.01870.1625-0.01690.074416.6015103.282522.1859
31.23870.5618-1.25383.4522-4.92835.7911-0.0098-0.355-0.24850.3633-0.2923-0.3858-0.290.35370.30210.2768-0.028-0.05840.25520.05330.219133.978685.338328.6581
40.9265-0.0993-0.0730.3973-0.17190.5651-0.08510.0292-0.1168-0.07780.0248-0.07130.09450.03310.06030.1680.00980.040.0656-0.01610.13821.303390.48852.0985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1XA3 - 16926 - 192
2X-RAY DIFFRACTION2XA170 - 271193 - 294
3X-RAY DIFFRACTION2XA320 - 367343 - 390
4X-RAY DIFFRACTION3XA272 - 319295 - 342
5X-RAY DIFFRACTION4XA368 - 444391 - 467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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