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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u7p | ||||||
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タイトル | X-ray Crystal Structure of the Hypothetical Phosphotyrosine Phosphatase MDP-1 of the Haloacid Dehalogenase Superfamily | ||||||
要素 | magnesium-dependent phosphatase-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HAD superfamily / phosphoryl transfer / phosphotyrosine phosphatase / aspartate nucleophile / enzyme evolution / structural enzymology / class III | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructosamine metabolic process / acid phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphatase activity / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Peisach, E. / Selengut, J.D. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: X-ray Crystal Structure of the Hypothetical Phosphotyrosine Phosphatase MDP-1 of the Haloacid Dehalogenase Superfamily 著者: Peisach, E. / Selengut, J.D. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: MDP-1: A novel eukaryotic magnesium-dependent phosphatase 著者: Selengut, J.D. / Levine, R.L. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: MDP-1 is a new and distinct member of the haloacid dehalogenase family of aspartate-dependent phosphohydrolases 著者: Selengut, J.D. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: The crystal structure of bacillus cereus phosphonoacetaldehyde hydrolase: insight into catalysis of phosphorus bond cleavage and catalytic diversification within the HAD enzyme superfamily 著者: Morais, M.C. / Zhang, W. / Baker, A.S. / Zhang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u7p.cif.gz | 148 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u7p.ent.gz | 116.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/1u7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/1u7p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18605.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: AF230273 / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9D967 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 8 詳細: PEG 3350, sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月19日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS, NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→76.58 Å / Num. obs: 48167 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.0485 / % possible all: 88.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: HIGH RESOLUTION MODEL OF MDP-1 WITHOUT MAGNESIUM BOUND 解像度: 1.9→76.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 908245.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.5318 Å2 / ksol: 0.337413 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.1 Å2
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Refine Biso |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→76.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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