PDB-1u7g: Crystal Structure of Ammonia Channel AmtB from E. Coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u7g

タイトル

Crystal Structure of Ammonia Channel AmtB from E. Coli

要素

Probable ammonium transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Right handed helical bundle / transmembrane helices / Ammonia channnel / membrane protein / Rh protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / carbon dioxide transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Khademi, S. / O'Connell III, J. / Remis, J. / Robles-Colmenares, Y. / Miercke, L.J.W. / Stroud, R.M.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Mechanism of ammonia transport by Amt/MEP/Rh: structure of AmtB at 1.35 A
著者: Khademi, S. / O'Connell III, J. / Remis, J. / Robles-Colmenares, Y. / Miercke, L.J.W. / Stroud, R.M.

履歴

登録	2004年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.6	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.7	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u7g.cif.gz	175.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u7g.ent.gz	139.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1u7g_validation.pdf.gz	688.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1u7g_full_validation.pdf.gz	700.7 KB	表示
XML形式データ	1u7g_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	1u7g_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/1u7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/1u7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u77SC 1u7cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1u77-1 1u7c-1 1mzy-1 1n70-3 5ofg-1 2dwt-1 2dws-1 3h56-1 3c1j-1 2npe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable ammonium transporter

ヘテロ分子

40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable ammonium transporter

ヘテロ分子

A: Probable ammonium transporter

ヘテロ分子

A: Probable ammonium transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.541, 96.541, 94.622
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-549- HOH
2	1	A-678- HOH
3	1	A-767- HOH

詳細

The biological assembly is a trimer.

#1: タンパク質

Probable ammonium transporter

分子量: 40434.957 Da / 分子数: 1 / 変異: S68F,P126S,L255K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: amtB / プラスミド: pET29b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69681

#2: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム

分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N

#4: 化合物

ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア

分子量: 17.031 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月14日 / 詳細: Si(111)
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 109673 / Num. obs: 104957 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 15.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / R_merge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 8850 / R_sym value: 0.621 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
SHELX	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U77

1u77

解像度: 1.4→30 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.168	8731	-	random
R_work	0.133	-	-	-
all	0.137	86836	-	-
obs	0.137	86836	88.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.13 Å²	0.55 Å²	0 Å²
2-	-	2.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.22 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.2 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.26 Å	0.25 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2799	0	24	426	3249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.49 Å /

	反射数	%反射
R_free	1207	-
obs	11834	72.4 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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