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- PDB-1u7c: Crystal Structure of AmtB from E.Coli with Methyl Ammonium. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u7c
タイトルCrystal Structure of AmtB from E.Coli with Methyl Ammonium.
要素Probable ammonium transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Right handed helical bundle / transmembrane helices / Ammonia channel / Methy Ammonium / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / carbon dioxide transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ammonium transporter, conserved site / Ammonium transporters signature. / Ammonium transporter / Ammonium transporter fold / Ammonium transporter AmtB like domains / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYLAMINE / Ammonium transporter AmtB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Khademi, S. / O'Connell III, J. / Remis, J. / Robles-Colmenares, Y. / Miercke, L.J.W. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Mechanism of ammonia transport by Amt/MEP/Rh: structure of AmtB at 1.35 A
著者: Khademi, S. / O'Connell III, J. / Remis, J. / Robles-Colmenares, Y. / Miercke, L.J.W. / Stroud, R.M.
履歴
登録2004年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ammonium transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4662
ポリマ－40,4351
非ポリマー311
水5,386299
1
A: Probable ammonium transporter
ヘテロ分子

A: Probable ammonium transporter
ヘテロ分子

A: Probable ammonium transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,3986
ポリマ－121,3053
非ポリマー933
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area10780 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area33990 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.700, 95.700, 94.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-512-

HOH

21A-748-

HOH

31A-789-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer.

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要素

#1: タンパク質 Probable ammonium transporter


分子量: 40434.957 Da / 分子数: 1 / 変異: S68F,P126S,L255K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: amtB / プラスミド: pEt29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69681
#2: 化合物 ChemComp-NME / METHYLAMINE / メチルアミン


分子量: 31.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.23 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月24日 / 詳細: Si(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 44142 / Num. obs: 41018 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3797 / Rsym value: 0.688 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U77

1u77


解像度: 1.85→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 3867 -random
Rwork0.195 ---
all0.196 41940 --
obs0.196 41940 91.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5 Å21.31 Å20 Å2
2--3.5 Å20 Å2
3----7.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2799 0 2 299 3100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.3
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 549 -
Rwork0.3 --
obs-5490 78.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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