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- PDB-1u79: Crystal structure of AtFKBP13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u79
タイトルCrystal structure of AtFKBP13
要素FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3
キーワードISOMERASE / tFKBP13 / FK-506 BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid lumen / chloroplast thylakoid lumen / plastid / chloroplast / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4-like / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP13, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Gopalan, G. / Swaminathan, K.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: Structural analysis uncovers a role for redox in regulating FKBP13, an immunophilin of the chloroplast thylakoid lumen
著者: Gopalan, G. / He, Z. / Balmer, Y. / Romano, P. / Gupta, R. / Buchanan, B.B. / Swaminathan, K. / Luan, S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2002
タイトル: A chloroplast FKBP interacts with and affects the accumulation of Rieske subunit of cytochrome bf complex
著者: Gupta, R. / Mould, R.M. / He, Z. / Luan, S.
履歴
登録2004年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3
B: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3
C: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3
D: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3
E: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0435
ポリマ－68,0435
非ポリマー00
水8,341463
1
A: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6091
ポリマ－13,6091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6091
ポリマ－13,6091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6091
ポリマ－13,6091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6091
ポリマ－13,6091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6091
ポリマ－13,6091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
B: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3

B: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3

A: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3
D: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3

A: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3
D: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3

C: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3
E: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3

C: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3
E: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,08610
ポリマ－136,08610
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation6_554-x+1/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area18870 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area47180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.026, 126.606, 119.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3 / AtFKBP13 / PPIase / Rotamase / FK506 binding protein 1


分子量: 13608.647 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AtFKBP13 / プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)LYS-S / 参照: UniProt: Q9SCY2, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 8-11% PEG 550MME, 2.5M ammonium sulfate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.97879 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月5日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978791
20.9791
反射解像度: 1.8→99 Å / Num. obs: 44839 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.8→1.95 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 43.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
CNS1.1精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YAT

1yat


解像度: 1.85→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 307661.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 4530 10.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 44839 78.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 93.7859 Å2 / ksol: 0.547019 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4630 0 0 463 5093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.652.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 403 9.8 %
Rwork0.223 3701 -
obs--43.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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