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万見
- PDB-1u6i: The Structure of native coenzyme F420-dependent methylenetetrahyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u6i
タイトルThe Structure of native coenzyme F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase at 2.2A resolution
要素F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONOMER: ALPHA/BETA DOMAIN / HELIX BUNDLE / TRIMER OF DIMERS
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / ferredoxin hydrogenase activity / one-carbon metabolic process
類似検索 - 分子機能
F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase (MTD) / Helix Hairpins - #120 / F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase superfamily / methylene-5,6,7,8-tetrahydromethanopterin dehydrogenase / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Warkentin, E. / Hagemeier, C.H. / Shima, S. / Thauer, R.K. / Ermler, U.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: The structure of F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase: a crystallographic 'superstructure' of the selenomethionine-labelled protein crystal structure.
著者: Warkentin, E. / Hagemeier, C.H. / Shima, S. / Thauer, R.K. / Ermler, U.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Coenzyme F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase (Mtd) from Methanopyrus kandleri: a methanogenic enzyme with an unusual quarternary structure.
著者: Hagemeier, C.H. / Shima, S. / Thauer, R.K. / Bourenkov, G. / Bartunik, H.D. / Ermler, U.
履歴
登録2004年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
B: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
C: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
D: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
E: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
F: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
G: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
H: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
I: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
J: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
K: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
L: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,18520
ポリマ－376,99112
非ポリマー1948
水11,998666
1
A: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
B: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
C: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
D: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
E: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
F: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,59310
ポリマ－188,4956
非ポリマー974
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29690 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area50390 Å2
手法PISA
2
G: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
H: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
I: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
J: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
K: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
L: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,59310
ポリマ－188,4956
非ポリマー974
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29620 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area50490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.9, 118.9, 219.2
Angle α, β, γ (deg.)90., 90.01, 90.
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / MTD / Coenzyme F420 dependent N5 / N10- methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase


分子量: 31415.885 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: mtd / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P94951, EC: 1.5.99.9
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MOPS, KOH, MPD, PEG 400, Mg acetate, Na phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月11日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 190905 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 1.86 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.4 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 38875 / Rsym value: 0.129 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: Selenomethionine-labelled methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase (MTD), PDB-ID 1QV9

1qv9


解像度: 2.2→19.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 9714980.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Description of the kMtd(Se) structure (PDB-ID 1QV9; space group C2221) in C2, a, subgroup of C2221
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 9126 4.7 %RANDOM WITH HEMIHEDRAL TWINNING
Rwork0.189 ---
obs-186249 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.3 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.88 Å20 Å20 Å2
2---13.12 Å20 Å2
3---4.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26184 0 8 666 26858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
Refine LS restraints NCSNCS model details: THE MAIN-CHAIN ATOMS OF THE 2ND HEXAMER WERE STRONGLY TIED TO THE FIRST, THE SIDE-CHAIN ATOMS LESS TIGHT. IN ADDITION THE (PSEUDO) TWO-FOLD ALONG THE A AXIS WAS WEAKLY IMPOSED.
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 1625 4.2 %
Rwork0.267 33238 -
obs-34833 89.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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