[日本語] English
万見
- PDB-1u5u: The structure of an Allene Oxide Synthase reveals a novel use for... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u5u
タイトルThe structure of an Allene Oxide Synthase reveals a novel use for a catalase fold
要素Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
キーワードLYASE / ALLENE OXIDE SYNTHASE / CATALASE / HEME / EICOSANOID / FUSION PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / arachidonate metabolic process / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / heme binding ...arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / arachidonate metabolic process / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / heme binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily ...Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Catalase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plexaura homomalla (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Oldham, M.L. / Brash, A.R. / Newcomer, M.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: The structure of coral allene oxide synthase reveals a catalase adapted for metabolism of a fatty acid hydroperoxide.
著者: Oldham, M.L. / Brash, A.R. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2004年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
B: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0634
ポリマ－85,8302
非ポリマー1,2332
水10,251569
1
A: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5322
ポリマ－42,9151
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5322
ポリマ－42,9151
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area30260 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)147.940, 76.679, 77.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a monomer

-
要素

#1: タンパク質 Allene oxide synthase-lipoxygenase protein


分子量: 42915.215 Da / 分子数: 2 / 断片: Allene Oxide Synthase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Plexaura homomalla (無脊椎動物) / プラスミド: pET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O16025, hydroperoxide dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.7
詳細: PEG MME 5000, bis-tris, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 5.70

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.7346
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月17日
放射モノクロメーター: SI (111) CHANNEL-CUT MONOCHROMATOR
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7346 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.83 Å / Num. obs: 104610 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.362 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→34.83 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1354 1.3 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.209 104060 --
obs0.209 104060 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL USED / Bsol: 44.08 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å22.71 Å2-2.02 Å2
2--0 Å2-2.44 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5966 0 86 569 6621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 155 1.3 %
Rwork0.246 11635 -
obs--86.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る