PDB-1u1c: Structure of E. coli uridine phosphorylase complexed to 5-benzyla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u1c

タイトル

Structure of E. coli uridine phosphorylase complexed to 5-benzylacyclouridine (BAU)

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / PYRIMIDINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / URIDINE SALVAGE / benzylacyclouridine / BAU

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP catabolic process / uridine catabolic process / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / potassium ion binding / DNA damage response / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bu, W. / Settembre, E.C. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structural basis for inhibition of Escherichia coli uridine phosphorylase by 5-substituted acyclouridines.
著者: Bu, W. / Settembre, E.C. / el Kouni, M.H. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2004年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u1c.cif.gz	295.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u1c.ent.gz	238.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1u1c_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1u1c_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	1u1c_validation.xml.gz	60.6 KB	表示
CIF形式データ	1u1c_validation.cif.gz	80.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/1u1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/1u1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u1dC 1u1eC 1u1fC 1u1gC 1tgv 1tgw PDB 未公開エントリ 1tgy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1u1e-d 1tgv-1 1rxc-1 1rxu-1 1rxu-2 2oec-d 1u1g-d 4oeh-d 1rxs-4 1tgy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

C: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

E: Uridine phosphorylase

F: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

167 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.369, 125.965, 141.334
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 90 - 220 / Label seq-ID: 93 - 223

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase / E.C.2.4.2.3 / UrdPase / UPase 分子量: 27471.334 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UDP, B3831 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12758, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-BAU / 1-((2-HYDROXYETHOXY)METHYL)-5-BENZYLPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / 5-ベンジルアシクロウリジン分子量: 276.288 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₆N₂O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 4000, MES, GLYCEROL, PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→38.07 Å / Num. all: 83127 / Num. obs: 83127 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.054
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.331 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
MOSFLM		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→38.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 6.682 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24858	8066	10.1 %	RANDOM
R_work	0.2155	-	-	-
all	0.21878	72188	-	-
obs	0.21878	72188	96.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.732 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.97 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11211	0	153	561	11925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	11551
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.883	1.963	15687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.681	5	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.164	0.2	5799
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	867
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.132	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.107	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.138	1.5	7417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.259	2	11939
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.354	3	4134
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.603	4.5	3748

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 964 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.29	5
2	B	loose positional	0.18	5
3	C	loose positional	0.16	5
4	D	loose positional	0.14	5
5	E	loose positional	0.14	5
6	F	loose positional	0.19	5
1	A	loose thermal	7.65	10
2	B	loose thermal	1.92	10
3	C	loose thermal	1.33	10
4	D	loose thermal	1.32	10
5	E	loose thermal	1.43	10
6	F	loose thermal	1.95	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.29	563
R_work	0.254	4923

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5143	-0.2952	-0.0013	1.7395	-0.2789	1.2892	-0.0648	0.2583	-0.6767	-0.2934	0.0874	0.1177	0.2089	-0.155	-0.0226	0.0788	-0.04	-0.012	0.0369	-0.0104	0.2202	0.682	101.9745	53.0874
2	2.2452	0.5203	0.5587	2.3314	0.1782	1.4388	0.0942	-0.9685	-0.0454	0.7088	-0.1392	0.2451	-0.0953	-0.4173	0.0451	0.299	-0.0117	0.0716	0.5606	0.0483	0.0798	-3.8564	122.2266	96.8061
3	2.2152	0.4848	0.1087	1.7829	-0.4367	1.6766	-0.0192	-0.649	0.5621	0.5144	-0.0609	0.227	-0.4377	-0.1568	0.0801	0.3296	0.0878	-0.0111	0.3447	-0.2131	0.2023	-1.3728	145.8487	87.6934
4	1.7031	0.2083	-0.2262	1.998	-0.4363	2.0972	-0.1526	0.0228	0.5298	-0.0528	0.0971	0.3356	-0.4546	-0.1792	0.0555	0.2062	0.0338	-0.1415	0.0382	0.008	0.2391	-3.3561	150.3102	57.1961
5	1.9771	-0.1985	0.6591	2.3156	-0.3569	1.4181	-0.1613	0.3839	0.153	-0.5174	0.0809	0.007	-0.126	0.2302	0.0804	0.1844	-0.077	-0.077	0.084	0.0611	0.0493	3.4939	131.0445	41.9667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	3 - 253
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	4 - 253
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	4 - 253
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	3 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	4 - 253

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