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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tza | ||||||
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タイトル | X-ray structure of Northeast Structural Genomics Consortium target SoR45 | ||||||
要素 | apaG protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shewanella oneidensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kuzin, A.P. / Vorobiev, S.M. / Edstrom, W. / Acton, T.B. / Shastry, R. / Ma, L.-C. / Cooper, B. / Xiao, R. / Montelione, G. / Tong, L. ...Kuzin, A.P. / Vorobiev, S.M. / Edstrom, W. / Acton, T.B. / Shastry, R. / Ma, L.-C. / Cooper, B. / Xiao, R. / Montelione, G. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: X-ray structure of Northeast Structural Genomics Consortium target SoR45 著者: Kuzin, A.P. / Vorobiev, S.M. / Edstrom, W. / Acton, T.B. / Shastry, R. / Ma, L.-C. / Cooper, B. / Xiao, R. / Montelione, G. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tza.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tza.ent.gz | 48.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tza.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tza_validation.pdf.gz | 444 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tza_full_validation.pdf.gz | 445.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tza_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tza_validation.cif.gz | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/1tza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/1tza | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15036.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 株: MR-1 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8EB92 #2: 化合物 | ChemComp-CAC / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 8% PEG4000, 0.05mM Cacodylic Acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97868 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97868 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 10774 / Num. obs: 10666 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.93 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 52.23 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.073 / Mean I/σ(I) obs: 37.83 / Num. unique all: 1140 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 597383.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.9162 Å2 / ksol: 0.410325 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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