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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1txn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of coproporphyrinogen III oxidase | ||||||
![]() | Coproporphyrinogen III oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Dimer / Novel fold / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() coproporphyrinogen oxidase / coproporphyrinogen oxidase activity / Heme biosynthesis / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumaran, D. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of coproporphyrinogen III oxidase 著者: Kumaran, D. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38138.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HEM13, YDR044W, YD5112.02 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, Sodium Cacodylate, Magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 61551 / Num. obs: 61551 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.379 / Num. unique all: 3677 / % possible all: 87.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: Residues 97-106 and 271-328 in chain A, and residues 97-106, 203-205, and 271-328 in chain B, were not visbile in the electron density and hence not modeled
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.71 Å /
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