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- PDB-1tww: Dihydropteroate Synthetase, With Bound Substrate Analogue PtPP, F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tww
タイトルDihydropteroate Synthetase, With Bound Substrate Analogue PtPP, From Bacillus anthracis
要素DHPS, Dihydropteroate synthase
キーワードTRANSFERASE / anthracis / folate biosynthesis / dihydropteroate / pterine
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel ...Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHATE / Dihydropteroate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Babaoglu, K. / Qi, J. / Lee, R.E. / White, S.W.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of 7,8-Dihydropteroate Synthase from Bacillus anthracis; Mechanism and Novel Inhibitor Design.
著者: Babaoglu, K. / Qi, J. / Lee, R.E. / White, S.W.
履歴
登録2004年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DHPS, Dihydropteroate synthase
B: DHPS, Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,24212
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,47510
水2,918162
1
A: DHPS, Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

A: DHPS, Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,24212
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,47510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_475-x-1,-y+2,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA, PQS
2
B: DHPS, Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6216
ポリマ－32,8841
非ポリマー7375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: DHPS, Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

B: DHPS, Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,24212
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,47510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_465-x-1,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.239, 98.239, 262.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-364-

HOH

21B-357-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSASNASNAA2 - 2722 - 47
21LYSLYSASNASNBB2 - 2722 - 47
32TYRTYRILEILEAA39 - 6259 - 82
42TYRTYRILEILEBB39 - 6259 - 82
53GLUGLULYSLYSAA78 - 27498 - 294
63GLUGLULYSLYSBB78 - 27498 - 294
詳細The biological dimer is generated by the two fold axis: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 DHPS, Dihydropteroate synthase


分子量: 32883.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: str. A2012 / 遺伝子: folp / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 DE3 / 参照: UniProt: Q81VW8, dihydropteroate synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HH2 / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHATE / [PTERIN-6-YL METHANYL]-PHOSPHONOPHOSPHATE


分子量: 353.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O8P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Lithium Sulfate, Tris, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 26269 / Num. obs: 26269 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 42.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 26269 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1tws

1tws


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 12.264 / SU ML: 0.257 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): 0 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMNT USED THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25355 1311 5 %RANDOM
Rwork0.21057 ---
all0.21267 24847 --
obs0.21267 24847 96.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.887 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6 Å22.3 Å20 Å2
2--4.6 Å20 Å2
3----6.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4074 0 83 162 4319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1191.9895682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.6938998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8255519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2560.21030
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2870.24426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1120.22246
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.380.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2750.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3390.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7411.52603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45224181
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2431606
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7744.51495
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3752 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.050.05
tight thermal0.260.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.36 85
Rwork0.358 1459
obs-1544
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.778-0.11880.30921.06810.11752.3728-0.0746-0.16690.00220.17850.0024-0.13620.14640.38830.07220.3030.1702-0.02970.25740.05810.2954-79.095980.67191.3211
20.92850.08830.12991.67140.07352.4898-0.04480.14390.1152-0.2221-0.0726-0.04-0.51240.15850.11730.34350.055-0.0310.25710.07080.2909-68.272961.2875138.4478
3-0.1597-0.12370.34180.1505-0.51810.76360.02410.01960.00860.0171-0.0772-0.0388-0.09480.11890.05310.09530.0897-0.01370.11440.05360.176-75.245669.9167113.9933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3A283 - 365
4X-RAY DIFFRACTION3B283 - 361
5X-RAY DIFFRACTION3A278 - 281
6X-RAY DIFFRACTION3B278 - 281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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