PDB-1tw9: Glutathione Transferase-2, apo form, from the nematode Heligmosom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tw9

タイトル

Glutathione Transferase-2, apo form, from the nematode Heligmosomoides polygyrus

要素

glutathione S-transferase 2

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Heligmosomoides polygyrus (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Schuller, D.J. / Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Campbell, A.M. / Barrett, J. / Brophy, P.M. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a new class of glutathione transferase from the model human hookworm nematode Heligmosomoides polygyrus.
著者: Schuller, D.J. / Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Campbell, A.M. / Barrett, J. / Brophy, P.M. / Hao, Q.

履歴

登録	2004年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月5日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tw9.cif.gz	355.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tw9.ent.gz	288.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tw9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/1tw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/1tw9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1pd2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3nxl-3 3nxl-6 3g2s-d 3nxl-4 3upd-d 4k37-1 6vhu-1 2vcw-2 4wiw-5 2zm0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (9)

登録構造単位

A: glutathione S-transferase 2

B: glutathione S-transferase 2

C: glutathione S-transferase 2

D: glutathione S-transferase 2

E: glutathione S-transferase 2

F: glutathione S-transferase 2

G: glutathione S-transferase 2

H: glutathione S-transferase 2

187 kDa, 8 ポリマー
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1

A: glutathione S-transferase 2

B: glutathione S-transferase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: glutathione S-transferase 2

D: glutathione S-transferase 2

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46.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: glutathione S-transferase 2

F: glutathione S-transferase 2

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4

G: glutathione S-transferase 2

H: glutathione S-transferase 2

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46.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.678, 74.034, 88.573
Angle α, β, γ (deg.)	79.09, 80.08, 81.55
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	glutathione S-transferase 2 分子量: 23416.828 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Heligmosomoides polygyrus (無脊椎動物) プラスミド: pET23d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q9NJQ6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1860 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 20K, calcium chloride, Tris-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.947 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月7日 / 詳細: Rh-coated Si monochromatic mirrors
放射	モノクロメーター: Rh-coated Si monochromatic mirrors プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→25 Å / Num. all: 184048 / Num. obs: 184048 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 15605 / % possible all: 81.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.9999	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
BEAST		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1PD2 (Prostaglandin D synthase)

1pd2

解像度: 1.71→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.616 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic + TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23198	4568	2.5 %	RANDOM
R_work	0.18002	-	-	-
obs	0.18132	179478	95.22 %	-
all	-	184047	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.053 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2 Å²	0.77 Å²	1.04 Å²
2-	-	-0.8 Å²	-1.91 Å²
3-	-	-	2.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12394	0	0	1860	14254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	12695
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.798	1.945	17172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1	3	26861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.696	5	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.311	23.616	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.876	15	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.622	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	13959
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	3061
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	12056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	7023
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.226	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.296	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.095	1.5	8295
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.352	1.5	3111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.393	2	12452
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.445	3	5506
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.37	4.5	4720

LS精密化シェル

解像度: 1.71→1.75 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.301	232
R_work	0.23	9501

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1004	0.1025	-0.4467	3.8064	-0.126	1.1742	-0.0621	-0.1383	-0.1495	0.1875	0.0097	0.1146	0.1136	-0.0464	0.0524	-0.1492	-0.0131	0.0053	-0.1711	0.0228	-0.187	-2.6637	-19.3967	0.8309
2	4.6185	-3.8511	0.1684	15.1356	0.6673	0.562	0.0019	-0.0195	-1.0076	0.4168	0.0562	0.8379	0.523	-0.3272	-0.0581	-0.0413	-0.0718	0.0282	-0.0389	0.0517	0.151	-16.7151	-27.9789	1.7345
3	3.4267	2.6254	1.8574	10.6954	5.1282	5.6207	-0.1417	0.1295	0.0554	-0.0595	-0.0057	0.3368	0.0285	-0.1189	0.1474	-0.1834	0.0022	-0.0167	-0.1637	0.0343	-0.2241	-1.9232	-8.1019	-14.0705
4	14.7232	5.7057	-7.4637	10.3798	9.4826	22.5309	0.1699	0.5696	-0.8902	-1.1354	0.1249	0.6961	1.8431	0.0218	-0.2948	0.0616	-0.1268	-0.0124	0.0561	-0.0803	0.0995	-9.3213	-21.6603	-20.6515
5	7.7481	6.8775	0.8522	7.0003	2.4781	3.4035	0.054	0.2576	-1.0076	-1.1213	-0.012	-0.6042	0.7514	-0.2068	-0.042	0.2773	-0.0979	-0.0724	0.2477	-0.0685	0.2521	-8.0525	-30.145	-29.0008
6	2.5317	0.6042	2.0425	3.8517	2.8724	7.993	-0.0543	0.2541	0.0888	-0.4238	-0.0487	0.0826	-0.1858	-0.1057	0.1031	-0.0969	-0.015	0.018	-0.0989	0.009	-0.194	3.3342	-13.2131	-22.8786
7	1.586	0.2276	-0.7486	6.6949	4.1169	4.9789	-0.1112	0.1321	-0.3259	-0.0414	-0.0076	0.0409	0.2576	-0.1865	0.1189	-0.131	-0.0258	0.0016	-0.1702	0.0194	-0.187	2.6322	-21.0155	-14.649
8	0.4932	0.1817	-0.4536	1.0269	-0.9616	3.5036	-0.0568	0.0978	-0.2379	-0.1061	0.0222	-0.1801	0.3185	0.2123	0.0346	-0.1021	-0.0051	0.006	-0.1257	-0.011	-0.1145	7.5397	-25.0159	-14.0433
9	1.8838	-0.1483	0.0757	1.7622	0.2057	2.7784	-0.052	0.1333	0.1819	-0.2437	-0.0022	0.3137	-0.1998	-0.214	0.0542	-0.1182	0.0041	-0.0954	-0.1171	0.0552	-0.0889	-11.2047	4.0533	-15.268
10	6.0711	-5.1537	2.7574	5.9034	-1.325	1.9273	0.3119	0.9636	0.0019	-0.7659	-0.3527	0.5855	-0.059	-0.1795	0.0407	0.1231	-0.024	-0.1218	0.1803	0.0235	-0.0678	-10.9359	-2.7774	-30.375
11	8.1996	2.5171	4.938	5.376	1.5401	6.3233	0.0334	0.2093	-0.0058	0.0666	0.014	0.2643	0.1336	-0.0993	-0.0474	-0.2199	-0.0019	0.0255	-0.1538	0.0152	-0.1275	-13.5121	-9.0599	-2.2238
12	23.1861	5.7131	8.4456	11.0267	-1.0121	4.0709	-0.078	0.3474	-0.1998	-0.6748	0.312	0.7902	-0.0042	-1.0173	-0.234	0.1763	-0.0109	-0.0516	0.1554	-0.0699	0.1284	-23.5048	-16.1036	-15.1903
13	23.4789	-19.9166	-14.2735	61.6558	18.5113	25.5403	0.5084	0.2954	-0.6872	-1.8471	-0.2956	0.1195	-0.2437	-1.4479	-0.2128	0.2588	-0.0782	-0.1524	0.317	-0.0237	0.3015	-32.9906	-17.6511	-15.2209
14	4.7103	2.8819	1.0636	10.0731	2.5954	2.9962	0.0586	0.0474	-0.1943	0.0733	-0.0434	0.5807	0.1758	-0.3297	-0.0152	-0.1779	-0.0103	0.043	0.014	-0.003	0.0501	-24.595	-10.7016	0.3797
15	2.7606	0.3806	-1.7516	2.4098	-0.6863	1.4189	-0.0004	0.3055	0.0144	-0.3422	0.0357	0.4112	-0.0083	-0.5206	-0.0353	-0.1524	0.0193	-0.0537	-0.0249	0.0107	0.0567	-24.2266	-3.008	-8.0664
16	1.2791	0.2784	-1.1568	2.0276	-1.3997	3.0541	-0.0641	0.1185	0.0539	-0.1096	0.0982	0.5868	-0.0356	-0.4842	-0.0341	-0.1423	0.0419	-0.0628	0.0621	0.0305	0.1354	-28.5229	1.6584	-7.6936
17	1.8021	0.4526	-0.3316	3.9247	0.4033	1.5451	-0.0178	0.1542	0.0822	-0.2472	0.0693	-0.1672	-0.1401	0.0538	-0.0515	-0.1564	-0.0212	0.0041	-0.168	0.0399	-0.2104	10.3581	15.9645	-4.6092
18	4.6384	4.6206	-4.2794	7.6744	-4.7696	4.0318	0.1725	-0.2661	0.3584	0.2543	-0.0686	0.034	-0.2717	0.1525	-0.1039	-0.0507	-0.027	0.0099	-0.179	0.0228	-0.1209	9.573	30.9375	2.3388
19	7.5868	5.7591	2.6833	8.533	2.9584	4.3761	-0.0179	-0.1405	0.1231	0.3371	0.0302	-0.1202	0.1852	0.0608	-0.0123	-0.1732	0.0417	-0.0373	-0.1711	0.0212	-0.1911	13.8176	2.9662	8.3326
20	10.3913	4.4867	-1.0963	18.0004	-0.2678	0.1183	-0.1154	-0.363	0.3484	0.1553	-0.1035	-0.8033	-0.2702	0.8594	0.2189	0.0343	-0.0258	-0.1176	0.0819	-0.0263	0.0685	24.8979	18.2379	13.2025
21	12.198	1.4301	2.8359	6.5345	3.3932	2.1307	-0.2574	0.3177	0.9895	0.3323	0.402	0.0953	-0.7954	0.583	-0.1447	0.1767	-0.0379	-0.175	0.3252	-0.0238	0.2766	34.4813	18.4906	16.1673
22	3.4052	0.9983	2.5059	4.5924	3.0336	7.8895	-0.0721	-0.3018	-0.1541	0.4042	0.0772	-0.4996	0.1734	0.3231	-0.0051	-0.1315	0.0549	-0.0726	-0.0385	0.006	-0.0188	24.9686	0.9243	9.3577
23	6.4391	1.4645	1.2802	2.7346	-0.1019	1.9878	-0.024	-0.0515	0.1938	-0.0007	0.0672	-0.5475	-0.1852	0.3237	-0.0431	-0.1738	-0.0118	-0.0029	-0.1045	-0.0104	-0.0601	23.9287	9.4325	1.7925
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8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	152 - 171	152 - 171
9	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	172 - 206	172 - 206
10	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	1 - 33	1 - 33
11	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	51 - 79	51 - 79
12	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	34 - 50	34 - 50
13	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	80 - 98	80 - 98
14	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	99 - 103	99 - 103
15	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	122 - 125	122 - 125
16	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	126 - 151	126 - 151
17	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	152 - 171	152 - 171
18	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	172 - 206	172 - 206
19	X-RAY DIFFRACTION	17	C	C	1 - 33	1 - 33
20	X-RAY DIFFRACTION	17	C	C	51 - 79	51 - 79
21	X-RAY DIFFRACTION	18	C	C	34 - 50	34 - 50
22	X-RAY DIFFRACTION	19	C	C	80 - 98	80 - 98
23	X-RAY DIFFRACTION	20	C	C	99 - 106	99 - 106
24	X-RAY DIFFRACTION	21	C	C	119 - 125	119 - 125
25	X-RAY DIFFRACTION	22	C	C	126 - 151	126 - 151
26	X-RAY DIFFRACTION	23	C	C	152 - 171	152 - 171
27	X-RAY DIFFRACTION	24	C	C	172 - 206	172 - 206
28	X-RAY DIFFRACTION	25	D	D	1 - 33	1 - 33
29	X-RAY DIFFRACTION	25	D	D	51 - 79	51 - 79
30	X-RAY DIFFRACTION	26	D	D	34 - 50	34 - 50
31	X-RAY DIFFRACTION	27	D	D	80 - 98	80 - 98
32	X-RAY DIFFRACTION	28	D	D	99 - 105	99 - 105
33	X-RAY DIFFRACTION	29	D	D	118 - 125	118 - 125
34	X-RAY DIFFRACTION	30	D	D	126 - 151	126 - 151
35	X-RAY DIFFRACTION	31	D	D	152 - 171	152 - 171
36	X-RAY DIFFRACTION	32	D	D	172 - 206	172 - 206
37	X-RAY DIFFRACTION	33	E	E	1 - 33	1 - 33
38	X-RAY DIFFRACTION	33	E	E	51 - 79	51 - 79
39	X-RAY DIFFRACTION	34	E	E	34 - 50	34 - 50
40	X-RAY DIFFRACTION	35	E	E	80 - 98	80 - 98
41	X-RAY DIFFRACTION	36	E	E	99 - 107	99 - 107
42	X-RAY DIFFRACTION	37	E	E	121 - 125	121 - 125
43	X-RAY DIFFRACTION	38	E	E	126 - 151	126 - 151
44	X-RAY DIFFRACTION	39	E	E	152 - 171	152 - 171
45	X-RAY DIFFRACTION	40	E	E	172 - 206	172 - 206
46	X-RAY DIFFRACTION	41	F	F	1 - 33	1 - 33
47	X-RAY DIFFRACTION	41	F	F	51 - 79	51 - 79
48	X-RAY DIFFRACTION	42	F	F	34 - 50	34 - 50
49	X-RAY DIFFRACTION	43	F	F	80 - 98	80 - 98
50	X-RAY DIFFRACTION	44	F	F	99 - 113	99 - 113
51	X-RAY DIFFRACTION	45	F	F	115 - 125	115 - 125
52	X-RAY DIFFRACTION	46	F	F	126 - 151	126 - 151
53	X-RAY DIFFRACTION	47	F	F	152 - 171	152 - 171
54	X-RAY DIFFRACTION	48	F	F	172 - 206	172 - 206
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71	X-RAY DIFFRACTION	63	H	H	152 - 171	152 - 171
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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