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万見
- PDB-1tt4: Structure of NP459575, a predicted glutathione synthase from Salm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tt4
タイトルStructure of NP459575, a predicted glutathione synthase from Salmonella typhimurium
要素putative cytoplasmic protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NP459575 / glutathione synthase / protein structure initiative / MCSG / PSI / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular modified amino acid biosynthetic process / glutamate-cysteine ligase / glutamate-cysteine ligase activity / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Putative glutamate--cysteine ligase YbdK / Glutamate--cysteine ligase, GCS2 / Glutamate-cysteine ligase family 2(GCS2) / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 - #20 / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative glutamate--cysteine ligase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Miller, D.J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of NP459575, a predicted glutathione synthase from Salmonella typhimurium
著者: Miller, D.J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2004年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32012年9月26日Group: Database references
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative cytoplasmic protein
B: putative cytoplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0136
ポリマ－88,7722
非ポリマー2414
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area28430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.929, 188.929, 188.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 putative cytoplasmic protein


分子量: 44385.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q8ZR41
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Drop- 50 mM Na cacodylate pH 6.5, 5 mM Tris pH 8.3, 0.125 M NaCl, 0.1 M MgS, 10 % PEG 4000, 5 mg/ml protein. Well- 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M MgS, 20 % PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Drop- 50 mM Na cacodylate pH 6.5, 5 mM Tris pH 8.3, 0.125 M NaCl, 0.1 M MgS, 10 % PEG 4000, 5 mg/ml protein. Well- 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M MgS, 20 % PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11701
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11.008
シンクロトロンAPS 19-ID21.0725
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SIRAS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0081
21.07251
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 27578 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique all: 2714 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.801→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 9.411 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.735 / ESU R Free: 0.34
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25768 1391 5 %RANDOM
Rwork0.20884 ---
all0.21132 27578 --
obs0.21132 26187 95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.081 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.801→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5543 0 12 39 5594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0215721
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1761.9357774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.179311798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3975710
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.31193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.35672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.53325
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.5141
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1150.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.36
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2420.324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1060.53
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2941.53532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.65225664
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.67432189
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6354.52110
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 93 -
Rwork0.29 1907 -
obs-2000 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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