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- PDB-1tt3: NMR soulution structure of omega-conotoxin [K10]MVIIA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tt3
タイトルNMR soulution structure of omega-conotoxin [K10]MVIIA
要素Omega-conotoxin MVIIa
キーワードTOXIN / cysteine knot / four loop frame work
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, omega-type, conserved site / Omega-conotoxin family signature. / Conotoxin / Conotoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Omega-conotoxin MVIIA
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / Structures were calculated using torsion angle dynamics, simulated annealing protocol
データ登録者Adams, D.J. / Smith, A.B. / Schroeder, C.I. / Yasuda, T. / Lewis, R.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: omega-conotoxin CVID inhibits a pharmacologically distinct voltage-sensitive calcium channel associated with transmitter release from preganglionic nerve terminals
著者: Adams, D.J. / Smith, A.B. / Schroeder, C.I. / Yasuda, T. / Lewis, R.J.
#1: ジャーナル: to be published
タイトル: The alfa2delta auxiliary subunit reduces the affinity of omega-conotoxins for recombinant N-type calcium channels
著者: Mould, J. / Yasuda, T. / Schroeder, C.I. / Beedle, A.M. / Doering, C.J. / Zamponi, G.W. / Adams, D.J. / Lewis, R.J.
履歴
登録2004年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Omega-conotoxin MVIIa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6221
ポリマ－2,6221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)22 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #7lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Omega-conotoxin MVIIa / omega-conotoxin [K10]MVIIA


分子量: 2622.210 Da / 分子数: 1 / 変異: R10K / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence contains a [R10K] mutation of the naturally occuring MVIIA from Conus magus
参照: UniProt: P05484
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
131DQF-COSY
1422D TOCSY
1522D NOESY
162E-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM [K10]MVIIA, 95% H2O, 5% D2O, DSS95% H2O/5% D2O
22mM [K10]MVIIA, 100% D2O, DSS100% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
13.5ambient 293 K
23.5ambient 280 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker AMXBrukerAMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン分類
XwinNMR3.5collection
X-PLOR3.851構造決定
X-PLOR3.851精密化
精密化手法: Structures were calculated using torsion angle dynamics, simulated annealing protocol
ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 479 distance restraints (including H-bonds) and 30 dihedral angle restraints (including 21 phi, 9 chi) were used to calculate the structures.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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