PDB-1tr6: NMR solution structure of omega-conotoxin [K10]GVIA, a cyclic cys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tr6

タイトル

NMR solution structure of omega-conotoxin [K10]GVIA, a cyclic cysteine knot peptide

要素

Omega-conotoxin GVIA

キーワード

TOXIN / cysteine knot / four-loop frame work

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Conus geographus (アンボイナ)

手法

溶液NMR / The structures were calculated using torsion angle dynamics, simulated annealing protocol

データ登録者

Mould, J. / Yasuda, T. / Schroeder, C.I. / Beedle, A.M. / Doering, C.J. / Zamponi, G.W. / Adams, D.J. / Lewis, R.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The alpha2delta auxiliary subunit reduces affinity of omega-conotoxins for recombinant N-type (Cav2.2) calcium channels
著者: Mould, J. / Yasuda, T. / Schroeder, C.I. / Beedle, A.M. / Doering, C.J. / Zamponi, G.W. / Adams, D.J. / Lewis, R.J.

履歴

登録	2004年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年10月5日	Group: Derived calculations

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tr6.cif.gz	158.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tr6.ent.gz	136.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1tr6_validation.pdf.gz	355.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1tr6_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	1tr6_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	1tr6_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/1tr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/1tr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ttlC 1omc 2cco C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1cnn-d 2ml7-d 1kcp-d 1ter-d 1w7z-2 2mm6-d 2lix-d 5wov-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Omega-conotoxin GVIA

3.06 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Omega-conotoxin GVIA 分子量: 3062.489 Da / 分子数: 1 / 断片: GVIA, GVIB, GVIC / 変異: O10K / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Conus geographus (アンボイナ) / 参照: UniProt: P01522

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	2	2D TOCSY
1	5	2	2D NOESY
1	6	2	E-COSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2 mM [K10]GVIA, DSS	95% H2O/5% D2O
2	2 mM [K10]GVIA, DSS	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	3.5	ambient	275 K
2	3.5	ambient	293 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker ARX	Bruker	ARX	500	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	2
Bruker Avance	Bruker	Avance	600	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
XWINNMR	3.5	collection
X-PLOR	3.851	構造決定
X-PLOR	3.851	精密化

精密化

手法: The structures were calculated using torsion angle dynamics, simulated annealing protocol
ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 467 NOE distance restraints (including H-bonds) and 22 dihedral angle restraints (16 phi and 6 chi) were used during structure calculations.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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