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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tp4 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the XPC binding domain of hHR23A protein | ||||||
![]() | UV excision repair protein RAD23 homolog A | ||||||
![]() | DNA REPAIR / NER / XPC / Rad23 | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome binding / ubiquitin-specific protease binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of cell cycle / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair ...regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome binding / ubiquitin-specific protease binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of cell cycle / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / kinase binding / DNA Damage Recognition in GG-NER / protein destabilization / Formation of Incision Complex in GG-NER / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / single-stranded DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry | ||||||
![]() | Kamionka, M. / Feigon, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the XPC binding domain of hHR23A reveals hydrophobic patches for protein interaction 著者: Kamionka, M. / Feigon, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 478.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 394.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10782.896 Da / 分子数: 1 / 断片: XPC binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. |
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試料調製
詳細 | 内容: 1mM XPCB U-15N,13C, 20mM sodium phosphate, 122mM sodium chloride, 0.05% sodium azide 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 20mM sodium phosphate, 122mM sodium chloride, 0.05% sodium azide pH: 7.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 917 non-redundant NOE-derived distance constraints, 82 dihedral angle restraints and 42 distance restraints from hydrogen bonds. | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25 |