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- PDB-1to3: Structure of yiht from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1to3
タイトルStructure of yiht from Salmonella typhimurium
要素Putative aldolase yihT
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / beta-alpha barrel / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfofructosephosphate aldolase / 6-deoxy-6-sulfofructose-1-phosphate aldolase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process
類似検索 - 分子機能
Sulfofructosephosphate aldolase, YihT / : / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / PHOSPHATE ION / Sulfofructosephosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gorman, J. / Shapiro, L. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of yiht from Salmonella typhimurium
著者: Gorman, J. / Shapiro, L.
履歴
登録2004年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_conn ...audit_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE AUTHORS STATE THE BIOLOGICAL UNIT IS LIKELY A DIMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative aldolase yihT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,81713
ポリマ－33,8131
非ポリマー1,00412
水2,162120
1
A: Putative aldolase yihT
ヘテロ分子

A: Putative aldolase yihT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,63426
ポリマ－67,6262
非ポリマー2,00824
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.144, 141.144, 102.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-434-

HOH

詳細Likely Dimer: -x+1, -y, z

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要素

#1: タンパク質 Putative aldolase yihT


分子量: 33813.000 Da / 分子数: 1 / 変異: A289G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: YIHT, STM4022 / プラスミド: MODIFIED PET26B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9L7R9, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 2% PEG 4000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, 1.5M NaKPhosphate pH 8.5, 8% Glycerol; Cryoprotectant - 2% PEG 4000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, 1.5M NaKPhosphate pH 8.5, 30% Glycerol, 1M NaBr, pH 7.4, ...詳細: 2% PEG 4000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, 1.5M NaKPhosphate pH 8.5, 8% Glycerol; Cryoprotectant - 2% PEG 4000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, 1.5M NaKPhosphate pH 8.5, 30% Glycerol, 1M NaBr, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月19日 / 詳細: Vertical and horizontal focusing mirrors
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 14427 / Num. obs: 14427 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 4.14 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 8.1 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20825 721 5 %RANDOM
Rwork0.17867 ---
all0.18018 14392 --
obs0.18018 14392 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.502 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å20 Å20 Å2
2---1.78 Å20 Å2
3---3.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2218 0 24 120 2362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9693057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83634950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4345289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69224.27196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.56415404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6621518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02434
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.22262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21272
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2680.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8311.51733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1191.5592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95622309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5263898
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3194.5748
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.7-2.7690.31400.3189961041
2.769-2.8430.387500.27998
2.843-2.9240.3640.253985
2.924-3.0120.286450.241971
3.012-3.1080.331440.24923
3.108-3.2150.343470.221910
3.215-3.3330.243480.204867
3.333-3.4650.232440.183842
3.465-3.6130.183370.182819
3.614-3.7840.167260.167762
3.784-3.9810.186410.155758
3.981-4.2120.18400.141692
4.212-4.4890.151390.123683
4.489-4.8280.125310.127621
4.828-5.2580.14310.14583
5.258-5.8290.208290.15538
5.829-6.6370.224200.171483
6.637-7.9140.126190.143428
7.914-10.4070.146190.14349
10.407-200.13370.213250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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