[日本語] English
万見
- PDB-1to0: X-ray structure of Northeast Structural Genomics target protein s... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1to0
タイトルX-ray structure of Northeast Structural Genomics target protein sr145 from Bacillus subtilis
要素Hypothetical UPF0247 protein yyda
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / rRNA (pseudouridine-N3-)-methyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase RlmH / Predicted SPOUT methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Edstrom, W. / Vorobiev, S.M. / Shastry, R. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of Northeast Structural Genomics target protein sr145 from Bacillus subtilis
著者: Kuzin, A.P. / Edstrom, W. / Vorobiev, S.M. / Shastry, R. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2004年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypothetical UPF0247 protein yyda
B: Hypothetical UPF0247 protein yyda
C: Hypothetical UPF0247 protein yyda
D: Hypothetical UPF0247 protein yyda
E: Hypothetical UPF0247 protein yyda
F: Hypothetical UPF0247 protein yyda
G: Hypothetical UPF0247 protein yyda
H: Hypothetical UPF0247 protein yyda


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,6458
ポリマ－155,6458
非ポリマー00
水3,279182
1
A: Hypothetical UPF0247 protein yyda
B: Hypothetical UPF0247 protein yyda


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9112
ポリマ－38,9112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14380 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical UPF0247 protein yyda
D: Hypothetical UPF0247 protein yyda


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9112
ポリマ－38,9112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
3
E: Hypothetical UPF0247 protein yyda
F: Hypothetical UPF0247 protein yyda


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9112
ポリマ－38,9112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
4
G: Hypothetical UPF0247 protein yyda
H: Hypothetical UPF0247 protein yyda


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9112
ポリマ－38,9112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.691, 70.553, 100.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical UPF0247 protein yyda


分子量: 19455.645 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: YYDA, BSU40230 / プラスミド: pet21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q45601
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18-20 % PEG 3350, 0.2 M KCl, 50 mM TrisHCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 113561 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.89 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.516 / % possible all: 77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VH0

1vh0


解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 364813.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 3897 4.9 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 78887 84.6 %-
all-87680 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.3779 Å2 / ksol: 0.271662 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.45 Å20 Å23.79 Å2
2--13.35 Å20 Å2
3----3.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9353 0 0 182 9535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.7671.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.1292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.6022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.9312.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 526 5.4 %
Rwork0.275 9304 -
obs--63.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る