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万見
- PDB-1tnd: THE 2.2 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSDUCIN-ALPHA COMPLEXED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tnd
タイトルTHE 2.2 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSDUCIN-ALPHA COMPLEXED WITH GTP GAMMA S
要素TRANSDUCIN
キーワードBINDING PROTEIN(GTP)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / detection of light stimulus involved in visual perception / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / acyl binding / response to light stimulus / phototransduction, visible light ...negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / detection of light stimulus involved in visual perception / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / acyl binding / response to light stimulus / phototransduction, visible light / phototransduction / photoreceptor inner segment / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / photoreceptor disc membrane / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / GTPase activity / protein kinase binding / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Noel, J.P. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: The 2.2 A crystal structure of transducin-alpha complexed with GTP gamma S.
著者: Noel, J.P. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B.
履歴
登録1994年3月31日処理サイト: BNL
改定 1.01994年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSDUCIN
B: TRANSDUCIN
C: TRANSDUCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,93715
ポリマ－111,4243
非ポリマー2,51312
水14,880826
1
A: TRANSDUCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9795
ポリマ－37,1411
非ポリマー8384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TRANSDUCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9795
ポリマ－37,1411
非ポリマー8384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TRANSDUCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9795
ポリマ－37,1411
非ポリマー8384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.500, 108.300, 79.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CAC A 353, CAC B 353, AND CAC C 353 MODIFY CYS A 62, CYS B 62, AND CYS C 62, RESPECTIVELY.
2: CAC A 354, CAC B 354, AND CAC C 354 MODIFY CYS A 210, CYS B 210, AND CYS C 210, RESPECTIVELY.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.08186, -0.70316, 0.7063), (0.73473, -0.52141, -0.43394), (0.6734, 0.48342, 0.55932)41.734, 124.459, 4.848
2given(-0.03644, 0.73688, 0.67504), (-0.76721, -0.45348, 0.45361), (0.640369, -0.50136, 0.58186)-92.24599, 89.062, 27.03
詳細THERE ARE THREE COMPLEXES OF TRANSDUCIN ALPHA, GTP GAMMA S, AND MG+2 PER ASYMMETRIC UNIT. THE CHAIN IDENTIFIES ARE A, B, AND C. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 1* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *B*. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 2* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *C*.

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要素

#1: タンパク質 TRANSDUCIN


分子量: 37141.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04695
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 826 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細*CAC* IS A CACODYLIC ACID GROUP (DERIVED FROM CRYSTALLIZATION BUFFER - DIMETHYLARSINIC ACID) FOR ...*CAC* IS A CACODYLIC ACID GROUP (DERIVED FROM CRYSTALLIZATION BUFFER - DIMETHYLARSINIC ACID) FOR WHICH ONLY COORDINATES OF ARSENIC ATOM ARE GIVEN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化
*PLUS
温度: -12.5 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120-25 mg/mlprotein1drop
2166 mMsodium cacodylate1drop
3223 mM1dropCaCl2
425 mMbeta-mercaptoethanol1drop
520 %(v/v)glycerol1drop
63.33 %(w/v)PEG80001drop
75 %(w/v)PEG80001reservoir
8250 mMsodium cacodylate1reservoir
9350 mM1reservoirCaCl2
1025 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
1130 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 12.6 Å / Num. all: 58732 / Num. obs: 53289 / Rmerge(I) obs: 0.039

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.19 -
obs0.19 53289
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7668 0 105 826 8599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.19 / Rfactor obs: 0.178 / Rfactor Rfree: 0.304
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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