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- PDB-1tjb: Crystal Structure of a High Affinity Lanthanide-Binding Peptide (LBT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tjb
タイトルCrystal Structure of a High Affinity Lanthanide-Binding Peptide (LBT)
要素Lanthanide-Binding Peptide
キーワードDE NOVO PROTEIN / Lanthanide-Based Resonance Energy Transfer / Fluorescence / EF-Hand / Troponin Based Design / Lanthanide Binding Tag
機能・相同性TERBIUM(III) ION
機能・相同性情報
手法X線回折 / SAD PHASING / 解像度: 2 Å
データ登録者Nitz, M. / Sherawat, M. / Franz, K.J. / Peisach, E. / Allen, K.N. / Imperiali, B.
引用
ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2004
タイトル: Structural Origin of the High Affinity of a Chemically Evolved Lanthanide-Binding Peptide
著者: Nitz, M. / Sherawat, M. / Franz, K.J. / Peisach, E. / Allen, K.N. / Imperiali, B.
#1: ジャーナル: Chembiochem / 年: 2003
タイトル: Lanthanide-binding tags as versatile protein coexpression probes
著者: Franz, K.J. / Nitz, M. / Imperiali, B.
履歴
登録2004年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanthanide-Binding Peptide
B: Lanthanide-Binding Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3967
ポリマ－3,9722
非ポリマー4245
水81145
1
A: Lanthanide-Binding Peptide
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 2.25 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2515
ポリマ－1,9861
非ポリマー2654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lanthanide-Binding Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1452
ポリマ－1,9861
非ポリマー1591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.160, 22.270, 30.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The solution assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Lanthanide-Binding Peptide


分子量: 1986.036 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide prepared by automated solid phase peptide synthesis
#2: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: t-Butanol, Terbium Chloride, sodium chloride, tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月26日 / 詳細: Osmic Mirrors
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→55 Å / Num. all: 2315 / Num. obs: 2315 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 6.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 212 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: SAD PHASING / 解像度: 2→17.18 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1953 210 -random
Rwork0.1613 ---
obs0.1647 2247 96.9 %-
all-2320 --
原子変位パラメータBiso mean: 14.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å-0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→17.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数282 0 5 45 332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6232
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.3892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.1482.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.01-2.10.209230.1690.04426097
2.1-2.210.226270.1470.04327793.6
2.21-2.350.161290.1510.0327293.5
2.35-2.530.161250.150.03228098.2
2.53-2.780.254310.1910.04628396.9
2.78-3.190.266300.2120.04928198.6
3.19-4.010.125200.1420.02829098.3
4.01-17.180.171250.1460.03430498.1
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein_rep.top
X-RAY DIFFRACTION2tb.paramtb.top
X-RAY DIFFRACTION3capping.paramcapping.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION5ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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