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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tfz | ||||||
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タイトル | Structural basis for herbicidal inhibitor selectivity revealed by comparison of crystal structures of plant and mammalian 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenases | ||||||
要素 | 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Arabidopsis thaliana / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / HPPD / atHPPD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / iron ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, C. / Pflugrath, J.W. / Camper, D.L. / Foster, M.L. / Pernich, D.J. / Walsh, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Structural basis for herbicidal inhibitor selectivity revealed by comparison of crystal structures of plant and Mammalian 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenases 著者: Yang, C. / Pflugrath, J.W. / Camper, D.L. / Foster, M.L. / Pernich, D.J. / Walsh, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tfz.cif.gz | 89 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tfz.ent.gz | 66.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tfz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tfz_validation.pdf.gz | 467.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tfz_full_validation.pdf.gz | 473.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tfz_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tfz_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/1tfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/1tfz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the crystallographic two fold axis |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46783.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 参照: UniProt: P93836, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-869 / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: polyethylene glycol 4000, isopropanol, Potassium Chloride, Cobalt Chloride, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月30日 / 詳細: Multilayer optics |
放射 | モノクロメーター: Multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→15 Å / Num. all: 35541 / Num. obs: 35505 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SQD 解像度: 1.8→15 Å / Isotropic thermal model: ISOtropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
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