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- PDB-1tex: Mycobacterium smegmatis Stf0 Sulfotransferase with Trehalose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tex
タイトルMycobacterium smegmatis Stf0 Sulfotransferase with Trehalose
要素Stf0 Sulfotransferase
キーワードTRANSFERASE / mycobacterium / sulfotransferase / sulfolipid / sulfation / trehalose / trehalose-2-sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity
類似検索 - 分子機能
Trehalose 2-sulfotransferase / Sulphotransferase Stf0, domain / Stf0 sulphotransferase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / Trehalose 2-sulfotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mougous, J.D. / Petzold, C.J. / Senaratne, R.H. / Lee, D.H. / Akey, D.L. / Lin, F.L. / Munchel, S.E. / Pratt, M.R. / Riley, L.W. / Leary, J.A. ...Mougous, J.D. / Petzold, C.J. / Senaratne, R.H. / Lee, D.H. / Akey, D.L. / Lin, F.L. / Munchel, S.E. / Pratt, M.R. / Riley, L.W. / Leary, J.A. / Berger, J.M. / Bertozzi, C.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Identification, function and structure of the mycobacterial sulfotransferase that initiates sulfolipid-1 biosynthesis.
著者: Mougous, J.D. / Petzold, C.J. / Senaratne, R.H. / Lee, D.H. / Akey, D.L. / Lin, F.L. / Munchel, S.E. / Pratt, M.R. / Riley, L.W. / Leary, J.A. / Berger, J.M. / Bertozzi, C.R.
履歴
登録2004年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stf0 Sulfotransferase
B: Stf0 Sulfotransferase
C: Stf0 Sulfotransferase
D: Stf0 Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,3598
ポリマ－129,9904
非ポリマー1,3694
水7,386410
1
A: Stf0 Sulfotransferase
B: Stf0 Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6804
ポリマ－64,9952
非ポリマー6852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
2
C: Stf0 Sulfotransferase
D: Stf0 Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6804
ポリマ－64,9952
非ポリマー6852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.929, 101.929, 228.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細the biological assembly is a dimer: chains A and B form one dimer and chains C and D form a second dimer

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要素

#1: タンパク質
Stf0 Sulfotransferase


分子量: 32497.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: stf0 / プラスミド: pET28B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P84151, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PEG 3000, sodium citrate, trehalose, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2951
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.211.1
シンクロトロンALS 8.3.120.9797, 1.0000
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2003年8月6日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2003年9月14日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.97971
311
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 43904 / Num. obs: 42803 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.409 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 29.901 / SU ML: 0.278 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.573 / ESU R Free: 0.324
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27377 2106 5 %RANDOM
Rwork0.21755 ---
obs0.22036 39657 100 %-
all-41763 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.957 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.15 Å21.07 Å20 Å2
2--2.15 Å20 Å2
3----3.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7417 0 92 410 7919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0217706
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8181.94710573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6385957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88223.199322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.791151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.3261560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1680.21217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2920.24537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3390.25319
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.381.54924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91127761
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.07533219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0914.52812
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.665 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 154 -
Rwork0.327 2736 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.989 Å / Origin y: -10.5976 Å / Origin z: 19.3212 Å
111213212223313233
T0.2133 Å20.3098 Å2-0.0406 Å2-0.3934 Å20.0183 Å2--0.1336 Å2
L0.4771 °2-0.8672 °2-0.01 °2-2.0153 °2-0.0936 °2--0.0287 °2
S-0.0514 Å °-0.1483 Å °-0.0162 Å °-0.0423 Å °0.1753 Å °0.0989 Å °-0.0738 Å °0.0469 Å °-0.1239 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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