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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tcs | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF TRICHOSANTHIN-NADPH COMPLEX AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION REVEALS ACTIVE-SITE ARCHITECTURE | ||||||
![]() | TRICHOSANTHIN | ||||||
![]() | PROTEIN SYNTHESIS INHIBITOR / TOXIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of defense response to virus / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Xiong, J.-P. / Xia, Z.-X. / Wang, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of trichosanthin-NADPH complex at 1.7 A resolution reveals active-site architecture. 著者: Xiong, J.P. / Xia, Z.X. / Wang, Y. #1: ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of Trichosanthin Refined at 2.7 Angstroms Resolution 著者: Xia, Z.-X. / Zhang, L. / Zhang, Z.-M. #2: ![]() タイトル: The Revision of Three-Dimensional Structure of Trichosanthin at 3 Angstroms Resolution 著者: Xia, Z.-X. / Zhang, Z.-M. / Zhang, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 501.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27166.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: P09989, rRNA N-glycosylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NDP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 % |
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 39.7 % |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 5 mM / 一般名: NADPH |
-データ収集
反射 | 解像度: 1.7→8 Å / Num. obs: 22244 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): 3 |
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反射 | *PLUS Num. measured all: 79350 / Rmerge(I) obs: 0.0825 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROFFT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.174 / 最高解像度: 1.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |