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万見
- PDB-1t6u: Nickel Superoxide Dismutase (NiSOD) Native 1.30 A Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t6u
タイトルNickel Superoxide Dismutase (NiSOD) Native 1.30 A Structure
要素Superoxide dismutase [Ni]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nickel / 4-helix bundle / hexamer / superoxide dismutase / NiSOD / SOD / high resolution
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nickel-containing superoxide dismutase / Superoxide dismutase, Nickel-type / Nickel-containing superoxide dismutase superfamily / Nickel-containing superoxide dismutase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Superoxide dismutase [Ni]
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Barondeau, D.P. / Kassmann, C.J. / Bruns, C.K. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Nickel superoxide dismutase structure and mechanism.
著者: Barondeau, D.P. / Kassmann, C.J. / Bruns, C.K. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
履歴
登録2004年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Ni]
B: Superoxide dismutase [Ni]
C: Superoxide dismutase [Ni]
D: Superoxide dismutase [Ni]
E: Superoxide dismutase [Ni]
F: Superoxide dismutase [Ni]
G: Superoxide dismutase [Ni]
H: Superoxide dismutase [Ni]
I: Superoxide dismutase [Ni]
J: Superoxide dismutase [Ni]
K: Superoxide dismutase [Ni]
L: Superoxide dismutase [Ni]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,59624
ポリマ－158,89212
非ポリマー70412
水34,6971926
1
A: Superoxide dismutase [Ni]
B: Superoxide dismutase [Ni]
C: Superoxide dismutase [Ni]
D: Superoxide dismutase [Ni]
E: Superoxide dismutase [Ni]
F: Superoxide dismutase [Ni]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,79812
ポリマ－79,4466
非ポリマー3526
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14300 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area26850 Å2
手法PISA
2
G: Superoxide dismutase [Ni]
H: Superoxide dismutase [Ni]
I: Superoxide dismutase [Ni]
J: Superoxide dismutase [Ni]
K: Superoxide dismutase [Ni]
L: Superoxide dismutase [Ni]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,79812
ポリマ－79,4466
非ポリマー3526
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14250 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area26950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.147, 111.680, 106.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is hexameric

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要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Ni] / NiSOD / Nickel- containing superoxide dismutase


分子量: 13241.003 Da / 分子数: 12 / 変異: L85M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: SODN, SOD1, SCO5254, 2SC7G11.16C / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P80735, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1926 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: MPEG 5000, Hepes, methanol, calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月25日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→100 Å / Num. all: 347604 / Num. obs: 347567 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 29263 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 79.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T6I

1t6i


解像度: 1.3→50 Å / Num. parameters: 119964 / Num. restraintsaints: 143755 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2014 15723 4.7 %RANDOM
Rwork0.1579 ---
all-347567 --
obs-347567 90.3 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 17 / Occupancy sum hydrogen: 10899 / Occupancy sum non hydrogen: 13110
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11254 0 12 1926 13192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0206
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
1.3-1.360.29X-RAY DIFFRACTION34219
1.36-1.420.257X-RAY DIFFRACTION33434
1.42-1.480.22X-RAY DIFFRACTION32014
1.48-1.570.183X-RAY DIFFRACTION33679
1.57-1.670.162X-RAY DIFFRACTION32408
1.67-1.80.138X-RAY DIFFRACTION33496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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