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万見
- PDB-1t6j: Crystal Structure of Phenylalanine Ammonia Lyase from Rhodosporid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t6j
タイトルCrystal Structure of Phenylalanine Ammonia Lyase from Rhodosporidium toruloides
要素phenylalanine ammonia-lyase
キーワードLYASE / triple helix coiled coil / MIO / cinnamate
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine/tyrosine ammonia-lyase / tyrosine ammonia-lyase activity / cinnamic acid biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase activity / L-phenylalanine catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine ammonia-lyase 1; domain 3 / Phenylalanine ammonia-lyase / Phenylalanine ammonia-lyase, shielding domain superfamily / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 ...Phenylalanine ammonia-lyase 1; domain 3 / Phenylalanine ammonia-lyase / Phenylalanine ammonia-lyase, shielding domain superfamily / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-CARBOXYCINNAMIC ACID / Phenylalanine/tyrosine ammonia-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodosporidium toruloides (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Calabrese, J.C. / Jordan, D.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of phenylalanine ammonia lyase: multiple helix dipoles implicated in catalysis.
著者: Calabrese, J.C. / Jordan, D.B. / Boodhoo, A. / Sariaslani, S. / Vannelli, T.
履歴
登録2004年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phenylalanine ammonia-lyase
B: phenylalanine ammonia-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,5043
ポリマ－155,3122
非ポリマー1921
水7,404411
1
A: phenylalanine ammonia-lyase
B: phenylalanine ammonia-lyase
ヘテロ分子

A: phenylalanine ammonia-lyase
B: phenylalanine ammonia-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,0086
ポリマ－310,6244
非ポリマー3842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area34340 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area80110 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.86, 107.86, 204.38
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-857-

HOH

21A-858-

HOH

31B-1114-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the diagonal two fold axis 2-X,1+Y-X,2/3-Z

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要素

#1: タンパク質 phenylalanine ammonia-lyase / E.C.4.3.1.5


分子量: 77655.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodosporidium toruloides (菌類) / 遺伝子: PAL / プラスミド: pET-24a pEAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P11544, EC: 4.3.1.5
#2: 化合物 ChemComp-CIN / 4-CARBOXYCINNAMIC ACID / 4-カルボキシベンゼンアクリル酸


分子量: 192.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE 175 RESULTS FROM CONDENSATION OF A TRIPEPTIDE ALA-SER-GLY INTO ONE CIRCULARIZED CHROMOPHORE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.263 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 3000, citrate, beta-octylglucoside, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.97866,0.97885,0.96350,0.99473
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978661
20.978851
30.96351
40.994731
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 75419 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6.33 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique all: 3810 / % possible all: 49.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADNESSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
MADNESSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2985 1934 2.3 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.251 75419 --
原子変位パラメータBiso mean: 49.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.288 Å2-5.298 Å20 Å2
2---9.288 Å20 Å2
3---18.576 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9878 0 11 411 10300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005457
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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