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- PDB-1t60: Crystal structure of Type IV collagen NC1 domain from bovine lens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t60
タイトルCrystal structure of Type IV collagen NC1 domain from bovine lens capsule
要素(type iv collagen) x 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BASEMENT MEMBRANE / TYPE IV COLLAGEN / NC1 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Extracellular matrix organization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Integrin cell surface interactions / Crosslinking of collagen fibrils / Laminin interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / Collagen degradation / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength ...Extracellular matrix organization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Integrin cell surface interactions / Crosslinking of collagen fibrils / Laminin interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / Collagen degradation / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / collagen trimer / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / extracellular matrix organization / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein NDNF / Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous domain superfamily / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagen / Collagen IV carboxyl-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagens / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) ...Protein NDNF / Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous domain superfamily / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagen / Collagen IV carboxyl-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagens / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin fold / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Collagen alpha-1(IV) chain / Collagen alpha-2(IV) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Vanacore, R.M. / Shanmugasundararaj, S. / Friedman, D.B. / Bondar, O. / Hudson, B.G. / Sundaramoorthy, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The alpha1.alpha2 network of collagen IV. Reinforced stabilization of the noncollagenous domain-1 by noncovalent forces and the absence of Met-Lys cross-links
著者: Vanacore, R.M. / Shanmugasundararaj, S. / Friedman, D.B. / Bondar, O. / Hudson, B.G. / Sundaramoorthy, M.
履歴
登録2004年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE A suitable database reference sequence could not be found for this structure at the time ...SEQUENCE A suitable database reference sequence could not be found for this structure at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: type iv collagen
B: type iv collagen
C: type iv collagen
D: type iv collagen
E: type iv collagen
F: type iv collagen
G: type iv collagen
H: type iv collagen
I: type iv collagen
J: type iv collagen
K: type iv collagen
L: type iv collagen
M: type iv collagen
N: type iv collagen
O: type iv collagen
P: type iv collagen
Q: type iv collagen
R: type iv collagen
S: type iv collagen
T: type iv collagen
U: type iv collagen
V: type iv collagen
W: type iv collagen
X: type iv collagen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)609,32365
ポリマ－607,06724
非ポリマー2,25641
水51,1272838
1
A: type iv collagen
B: type iv collagen
C: type iv collagen
D: type iv collagen
E: type iv collagen
F: type iv collagen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,30116
ポリマ－151,7676
非ポリマー53510
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37670 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area37630 Å2
手法PISA
2
G: type iv collagen
H: type iv collagen
I: type iv collagen
J: type iv collagen
K: type iv collagen
L: type iv collagen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,18315
ポリマ－151,7676
非ポリマー4169
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37690 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area37880 Å2
手法PISA
3
M: type iv collagen
N: type iv collagen
O: type iv collagen
P: type iv collagen
Q: type iv collagen
R: type iv collagen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,41917
ポリマ－151,7676
非ポリマー65311
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38420 Å2
ΔGint-282 kcal/mol
Surface area37490 Å2
手法PISA
4
S: type iv collagen
T: type iv collagen
U: type iv collagen
V: type iv collagen
W: type iv collagen
X: type iv collagen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,41917
ポリマ－151,7676
非ポリマー65311
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38710 Å2
ΔGint-267 kcal/mol
Surface area37310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.880, 140.129, 160.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 24分子 ABDEGHJKMNPQSTVWCFILORUX

#1: タンパク質
type iv collagen


分子量: 25399.893 Da / 分子数: 16 / 断片: NC1 of alpha-1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: lens capsule / 参照: UniProt: Q7SIB2*PLUS
#2: タンパク質
type iv collagen


分子量: 25083.541 Da / 分子数: 8 / 断片: NC1 of alpha-2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: lens capsule / 参照: UniProt: Q7SIB3*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 2879分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2838 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG20K, bicine, MPD, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.886 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月21日
放射モノクロメーター: Si 311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 859512 / Num. obs: 859512 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.68 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M3D

1m3d


解像度: 1.5→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.216 31862 random
Rwork0.189 --
all0.209 797430 -
obs0.191 640828 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41657 0 32 2910 44599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.006
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 1695 -
Rwork0.275 --
obs-33782 5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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