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- PDB-1t5i: Crystal structure of the C-terminal domain of UAP56 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t5i
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of UAP56
要素C_TERMINAL DOMAIN OF A PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE
キーワードPRE-MRNA PROCESSING PROTEIN / RecA-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription export complex / U6 snRNP / RNA secondary structure unwinding / ATP-dependent protein binding / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent activity, acting on RNA / U4 snRNA binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA export from nucleus / U4 snRNP ...transcription export complex / U6 snRNP / RNA secondary structure unwinding / ATP-dependent protein binding / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent activity, acting on RNA / U4 snRNA binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA export from nucleus / U4 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / spliceosomal complex assembly / RHOBTB2 GTPase cycle / mRNA export from nucleus / U6 snRNA binding / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity / RNA helicase / nuclear speck / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal ...RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spliceosome RNA helicase DDX39B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhao, R. / Green, M.R. / Shen, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of UAP56, a "DEXD/H-box" protein involved in pre-mRNA splicing and mRNA export
著者: Zhao, R. / Shen, J. / Green, M.R. / Macmorris, M. / Blumenthal, T.
履歴
登録2004年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C_TERMINAL DOMAIN OF A PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0421
ポリマ－20,0421
非ポリマー00
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.582, 33.582, 119.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 C_TERMINAL DOMAIN OF A PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE / U2AF65 associated protein 56 / UAP56


分子量: 20041.703 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (residues 259-428) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAT1 / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90 / 参照: UniProt: Q13838
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MOPS, NaCl, Sodium Phosphate, Potassium Phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.97934, 0.97949, 0.96411
シンクロトロンAPS 19-ID21.0332
検出器
ID検出器日付
1CCD2003年10月10日
2CCD2003年10月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979341
20.979491
30.964111
41.03321
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 10414 / Num. obs: 9977 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 750 / % possible all: 72

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: Rfree / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2678 690 7 %random
Rwork0.2235 ---
all-10363 --
obs-9595 92.6 %-
溶媒の処理Bsol: 43.3131 Å2 / ksol: 0.383494 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.307 Å0.2499 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1311 0 0 87 1398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.343
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.37
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.186
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.527
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.588
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.683
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 45 7 %
Rwork0.2873 625 -
obs-463 64 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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