PDB-1t51: Antibiotic Activity and Structural Analysis of a Scorpion-derived...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1t51

タイトル

Antibiotic Activity and Structural Analysis of a Scorpion-derived Antimicrobial peptide IsCT and Its Analogs

要素

Cytotoxic linear peptide IsCT

キーワード

ANTIBIOTIC / coil-helix

機能・相同性

other organism cell membrane / monoatomic ion transport / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane / Cytotoxic linear peptide IsCT

機能・相同性情報

生物種

Opisthacanthus madagascariensis (サソリ)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Lee, K. / Shin, S.Y. / Kim, K. / Lim, S.S. / Hahm, K.S. / Kim, Y.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2004
タイトル: Antibiotic activity and structural analysis of the scorpion-derived antimicrobial peptide IsCT and its analogs
著者: Lee, K. / Shin, S.Y. / Kim, K. / Lim, S.S. / Hahm, K.S. / Kim, Y.

履歴

登録	2004年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1t51.cif.gz	80.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1t51.ent.gz	61.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1t51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1t51_validation.pdf.gz	335.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1t51_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	1t51_validation.xml.gz	6 KB	表示
CIF形式データ	1t51_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/1t51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/1t51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t52C 1t54C 1t55C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f7n-d 4kyt-2 1d0w-d 2jq2-d 2rsw-d 1jd8-d 3m17-9 6gik-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytotoxic linear peptide IsCT

1.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Cytotoxic linear peptide IsCT / IsCT 分子量: 1503.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Opisthacanthus madagascariensis (サソリ) 組織: Venom / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8MMJ7

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 1.0mM Peptide; 200mM SDS-d25 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 400 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Felix	2000.1		解析
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
DGII	2000.1	HAVEL	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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