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万見
- PDB-1t1u: Structural Insights and Functional Implications of Choline Acetyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t1u
タイトルStructural Insights and Functional Implications of Choline Acetyltransferase
要素Choline O-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / choline acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


choline O-acetyltransferase / choline O-acetyltransferase activity / Synthesis of PC / rhythmic excitation / acetylcholine biosynthetic process / rhythmic behavior / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / choline binding / neuromuscular synaptic transmission ...choline O-acetyltransferase / choline O-acetyltransferase activity / Synthesis of PC / rhythmic excitation / acetylcholine biosynthetic process / rhythmic behavior / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / choline binding / neuromuscular synaptic transmission / adult walking behavior / antral ovarian follicle growth / muscle organ development / dendrite development / response to nutrient / memory / neuron differentiation / chemical synaptic transmission / response to ethanol / response to hypoxia / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / synapse / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily ...Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Choline O-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Govindasamy, L. / Pedersen, B. / Lian, W. / Kukar, T. / Gu, Y. / Jin, S. / Agbandje-McKenna, M. / Wu, D.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural insights and functional implications of choline acetyltransferase
著者: Govindasamy, L. / Pedersen, B. / Lian, W. / Kukar, T. / Gu, Y. / Jin, S. / Agbandje-McKenna, M. / Wu, D.
履歴
登録2004年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE The author states that the database reference sequence used in this structure contains errors.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline O-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9061
ポリマ－71,9061
非ポリマー00
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.949, 77.505, 59.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Choline O-acetyltransferase / CHOACTase / Choline acetylase / ChAT


分子量: 71905.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Chat / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32738, choline O-acetyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM MES buffer, 100mM NaCl, PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9504 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9504 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. all: 429316 / Num. obs: 72446 / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.51→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 72446 / Rsym value: 0.337

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
REFMAC精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NM8

1nm8


解像度: 1.55→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 --random
Rwork0.171 ---
all-429316 --
obs-72446 5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.814 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4711 0 0 408 5119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.112
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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