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- PDB-1t0d: Crystal Structure of 2-aminopurine labelled bacterial decoding si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t0d
タイトルCrystal Structure of 2-aminopurine labelled bacterial decoding site RNA
要素
  • 5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*(MTU)P*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3'
キーワードRNA / 2-AMINOPURINE / BACTERIAL DECODING SITE RNA / FLUORESCENCE EMISSION SPECTRA / 9-beta-D-Ribofuranosyl-9H-purin-2-amine
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Shandrick, S. / Zhao, Q. / Han, Q. / Ayida, B.K. / Takahashi, M. / Winters, G.C. / Simonsen, K.B. / Vourloumis, D. / Hermann, T.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2004
タイトル: Monitoring molecular recognition of the ribosomal decoding site.
著者: Shandrick, S. / Zhao, Q. / Han, Q. / Ayida, B.K. / Takahashi, M. / Winters, G.C. / Simonsen, K.B. / Vourloumis, D. / Hermann, T.
履歴
登録2004年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*(MTU)P*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3'
B: 5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3'
C: 5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*(MTU)P*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3'
D: 5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1414
ポリマ－21,1414
非ポリマー00
水3,873215
1
A: 5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*(MTU)P*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3'
B: 5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5702
ポリマ－10,5702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*(MTU)P*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3'
D: 5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5702
ポリマ－10,5702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.640, 87.320, 32.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*(MTU)P*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3'


分子量: 5555.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3'


分子量: 5015.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Ammonium sulfate, magnesium acetate, cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 8984 / Num. obs: 8903 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 844 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: a model of RNA

解像度: 2.2→8 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 870 -RANDOM
Rwork0.205 ---
all-8867 --
obs-8285 93.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.96 Å20 Å20.408 Å2
2--5.144 Å20 Å2
3----1.183 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1398 0 215 1613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.93
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.031
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 129 -
Rwork0.308 --
obs--82.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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