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- PDB-1sxi: Structure of apo transcription regulator B. megaterium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sxi
タイトルStructure of apo transcription regulator B. megaterium
要素Glucose-resistance amylase regulator
キーワードTRANSCRIPTION / allosterism / phosphoprotein / transcription regulation / GRam positive bacteria / CCR
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Catabolite control protein A / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator ...Catabolite control protein A / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Catabolite control protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Allen, G.S. / Diel, M. / Seidel, G. / Hillen, W. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Structural studies on the apo transcription factor form B. megaterium
著者: Schumacher, M.A. / Allen, G.S. / Diel, M. / Seidel, G. / Hillen, W. / Brennan, R.G.
履歴
登録2004年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-resistance amylase regulator
D: Glucose-resistance amylase regulator
B: Glucose-resistance amylase regulator
I: Glucose-resistance amylase regulator
R: Glucose-resistance amylase regulator
T: Glucose-resistance amylase regulator
L: Glucose-resistance amylase regulator
K: Glucose-resistance amylase regulator
W: Glucose-resistance amylase regulator
G: Glucose-resistance amylase regulator
N: Glucose-resistance amylase regulator
M: Glucose-resistance amylase regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,45614
ポリマ－376,40712
非ポリマー492
水905
1
A: Glucose-resistance amylase regulator
D: Glucose-resistance amylase regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7352
ポリマ－62,7352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
2
B: Glucose-resistance amylase regulator
I: Glucose-resistance amylase regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7352
ポリマ－62,7352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
3
R: Glucose-resistance amylase regulator
T: Glucose-resistance amylase regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7834
ポリマ－62,7352
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22070 Å2
手法PISA
4
L: Glucose-resistance amylase regulator
K: Glucose-resistance amylase regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7352
ポリマ－62,7352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
W: Glucose-resistance amylase regulator
G: Glucose-resistance amylase regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7352
ポリマ－62,7352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
6
N: Glucose-resistance amylase regulator
M: Glucose-resistance amylase regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7352
ポリマ－62,7352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area21540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.240, 106.220, 157.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.20, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Glucose-resistance amylase regulator / Catabolite control protein / ccpa


分子量: 31367.271 Da / 分子数: 12 / 変異: residues 53-332 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: apo form
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: CCpa / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46828
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, magnesium chloride, tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→74.58 Å / Num. all: 68405 / Num. obs: 66347 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3→3.19 Å / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SXH

1sxh


解像度: 3→74.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1839795.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 6726 10.1 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all0.225 68405 --
obs0.22 66347 95.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.1213 Å2 / ksol: 0.367283 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.13 Å20 Å25.47 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---7.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.72 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→74.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25476 0 2 5 25483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 1129 10.3 %
Rwork0.363 9865 -
obs--95.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CHES_XPLOR_PAR.TXTCHES_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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