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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sws | ||||||
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タイトル | CORE-STREPTAVIDIN MUTANT D128A AT PH 4.5 | ||||||
![]() | PROTEIN (STREPTAVIDIN) | ||||||
![]() | BINDING PROTEIN / BIOTIN BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Freitag, S. / Chu, V. / Le Trong, I. / Klumb, L.A. / To, R. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A structural snapshot of an intermediate on the streptavidin-biotin dissociation pathway. 著者: Freitag, S. / Chu, V. / Penzotti, J.E. / Klumb, L.A. / To, R. / Hyre, D. / Le Trong, I. / Lybrand, T.P. / Stenkamp, R.E. / Stayton, P.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13237.326 Da / 分子数: 4 / 変異: D128A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 解説: T7 EXPRESSION SYSTEM (PET-210, NOVAGEN, INC., MADISON,WI. SYNTHETIC GENE) 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: 50% MPD (2-METHYL-2,4-PENTANEDIOLE), PH 4.5. | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月13日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 30500 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 46 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 56045 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 46 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1SWC 解像度: 2→10 Å / Num. parameters: 14379 / Num. restraintsaints: 14409 / 交差検証法: RFREE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973) 201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 3230 / Occupancy sum non hydrogen: 3594 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.167 / Rfactor Rwork: 0.185 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 32 Å2 |