PDB-1sw5: Crystal structure of ProX from Archeoglobus fulgidus in the ligan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sw5

タイトル

Crystal structure of ProX from Archeoglobus fulgidus in the ligand free form

要素

osmoprotection protein (proX)

キーワード

PROTEIN BINDING / binding-protein / compatible solutes / cation-pi interactions / non-classical hydrogen bonds

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Schiefner, A. / Holtmann, G. / Diederichs, K. / Welte, W. / Bremer, E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for the binding of compatible solutes by ProX from the hyperthermophilic archaeon Archaeoglobus fulgidus.
著者: Schiefner, A. / Holtmann, G. / Diederichs, K. / Welte, W. / Bremer, E.

履歴

登録	2004年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sw5.cif.gz	227.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sw5.ent.gz	184.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1sw5_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1sw5_full_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示
XML形式データ	1sw5_validation.xml.gz	40.7 KB	表示
CIF形式データ	1sw5_validation.cif.gz	57.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/1sw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/1sw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sw1SC 1sw2C 1sw4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mam-d 3kyj-d 3ppn-2 4wep-2 4rsm-2 1qw0-d 5nxy-1 6ueo-3 1qn5-1 3tyh-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: osmoprotection protein (proX)

B: osmoprotection protein (proX)

C: osmoprotection protein (proX)

D: osmoprotection protein (proX)

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: osmoprotection protein (proX)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: osmoprotection protein (proX)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: osmoprotection protein (proX)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: osmoprotection protein (proX)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	161.500, 56.500, 116.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ASP	ASP	6	A	A	6 - 110	6 - 110
2	1	GLU	GLU	ASP	ASP	6	B	B	6 - 110	6 - 110
3	1	GLU	GLU	ASP	ASP	6	C	C	6 - 110	6 - 110
4	1	GLU	GLU	ASP	ASP	6	D	D	6 - 110	6 - 110
1	2	TYR	TYR	LEU	LEU	4	A	A	111 - 211	111 - 211
2	2	TYR	TYR	LEU	LEU	4	B	B	111 - 211	111 - 211
3	2	TYR	TYR	LEU	LEU	4	C	C	111 - 211	111 - 211
4	2	TYR	TYR	LEU	LEU	4	D	D	111 - 211	111 - 211
1	3	LEU	LEU	LYS	LYS	6	A	A	211 - 275	211 - 275
2	3	LEU	LEU	LYS	LYS	6	B	B	211 - 275	211 - 275
3	3	LEU	LEU	LYS	LYS	6	C	C	211 - 275	211 - 275
4	3	LEU	LEU	LYS	LYS	6	D	D	211 - 275	211 - 275

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	osmoprotection protein (proX) 分子量: 31128.305 Da / 分子数: 4 / 変異: C1G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: proX / プラスミド: pASK-IBA6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(Codon plus RIL) / 参照: UniProt: O29280
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: magnesium chloride, Tris, PEG 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 90922 / Num. obs: 90922 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 26.8 Å² / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / R_sym value: 0.332 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.25	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SW1

1sw1

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 2.832 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21439	4551	5 %	RANDOM
R_work	0.18642	-	-	-
all	0.18785	90922	-	-
obs	0.18785	86386	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.597 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	0.42 Å²
2-	-	0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8644	0	9	327	8980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	8792
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.364	1.98	11884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.825	3	18860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.047	5	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	8812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	5233
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.089	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.243	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.286	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.822	1.5	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.534	2	8660
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.393	3	3420
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.049	4.5	3224

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	1	A	1545	medium positional	0.39	0.5
2	2	B	1545	medium positional	0.37	0.5
2	3	C	1545	medium positional	0.35	0.5
2	4	D	1545	medium positional	0.4	0.5
1	1	A	1627	loose positional	0.59	5
1	2	B	1627	loose positional	0.45	5
1	3	C	1627	loose positional	0.49	5
1	4	D	1627	loose positional	0.52	5
3	1	A	1025	loose positional	0.47	5
3	2	B	1025	loose positional	0.53	5
3	3	C	1025	loose positional	0.44	5
3	4	D	1025	loose positional	0.48	5
2	1	A	1545	medium thermal	14.02	2
2	2	B	1545	medium thermal	13.64	2
2	3	C	1545	medium thermal	14.85	2
2	4	D	1545	medium thermal	12.96	2
1	1	A	1627	loose thermal	3.16	10
1	2	B	1627	loose thermal	1.82	10
1	3	C	1627	loose thermal	2.38	10
1	4	D	1627	loose thermal	2.54	10
3	1	A	1025	loose thermal	4.43	10
3	2	B	1025	loose thermal	3.36	10
3	3	C	1025	loose thermal	4.48	10
3	4	D	1025	loose thermal	3.49	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.261	333
R_work	0.216	6332

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1392	-0.0222	0.064	0.193	0.0329	0.1694	0.0207	-0.0029	-0.0132	-0.0072	-0.0175	0.0088	-0.0206	0.0095	-0.0032	0.0825	-0.0024	-0.0032	0.0813	0.0003	0.0844	85.5182	27.7789	69.7962
2	0.7175	-0.027	0.0738	0.6333	0.1255	0.2608	0.0136	-0.0134	-0.0192	0.0154	-0.0031	0.0101	0.026	0.0042	-0.0105	0.0809	0.0005	-0.0094	0.0542	-0.0014	0.0791	71.5968	4.694	64.2044
3	0.3465	-0.04	0.0119	0.2313	0.0307	0.1744	0.0281	-0.0123	-0.0027	0.0042	-0.0151	-0.0152	0.013	-0.0261	-0.0129	0.0791	-0.0059	-0.0075	0.0726	0.005	0.0781	115.394	-7.8181	68.5555
4	0.7305	-0.1084	0.0393	0.6935	-0.1753	0.239	0.0047	-0.0183	0.008	0.023	0.0172	0.0029	-0.04	-0.0196	-0.0219	0.084	0.0051	0.0004	0.0541	0.0056	0.076	129.572	15.0483	63.8838
5	0.3596	0.1924	-0.2392	0.4951	-0.2364	0.6763	0.0005	-0.0313	0.0163	-0.0041	-0.0314	-0.0072	-0.0252	0.0299	0.0308	0.0739	-0.0042	-0.0091	0.068	0.0068	0.062	95.4947	0.4963	93.4533
6	0.0705	-0.2512	0.7604	0.7376	0.426	0.2823	0.0814	0.0473	0.1243	-0.0764	-0.1445	-0.1268	0.2832	0.1106	0.0631	0.1277	0.0523	0.0706	0.0939	0.0913	0.0927	108.8845	-22.9332	98.8378
7	0.4285	0.0594	0.105	0.3953	0.091	0.5497	0.0477	-0.0076	-0.0162	-0.0085	-0.038	0.0008	0.0053	-0.0062	-0.0098	0.0729	0.0025	-0.0055	0.0701	-0.0075	0.0624	65.5783	22.5569	93.6767
8	0.8001	0.1899	-0.689	1.5313	-0.0957	0.6337	0.081	0.0476	0.0444	-0.0674	-0.0773	0.1434	-0.236	-0.1513	-0.0037	0.1181	0.0755	-0.0328	0.074	-0.0542	0.0678	51.7541	45.8143	98.1031

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 109	6 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	213 - 275	213 - 275
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	110 - 212	110 - 212
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	6 - 109	6 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	213 - 275	213 - 275
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	110 - 212	110 - 212
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	6 - 109	6 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	213 - 275	213 - 275
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	110 - 212	110 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	6 - 109	6 - 109
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	213 - 275	213 - 275
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	110 - 212	110 - 212

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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