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- PDB-1sw4: Crystal structure of ProX from Archeoglobus fulgidus in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sw4
タイトルCrystal structure of ProX from Archeoglobus fulgidus in complex with trimethyl ammonium
要素osmoprotection protein (proX)
キーワードPROTEIN BINDING / binding-protein / compatible solutes / cation-pi interactions / non-classical hydrogen bonds
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ProX-like, substrate-binding domain / Osmoprotection protein (prox); domain 2 / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAMETHYLAMMONIUM ION / Osmoprotection protein (ProX)
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schiefner, A. / Holtmann, G. / Diederichs, K. / Welte, W. / Bremer, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for the binding of compatible solutes by ProX from the hyperthermophilic archaeon Archaeoglobus fulgidus.
著者: Schiefner, A. / Holtmann, G. / Diederichs, K. / Welte, W. / Bremer, E.
履歴
登録2004年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: osmoprotection protein (proX)
B: osmoprotection protein (proX)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,93413
ポリマ－62,2572
非ポリマー67711
水4,414245
1
A: osmoprotection protein (proX)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4346
ポリマ－31,1281
非ポリマー3065
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: osmoprotection protein (proX)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5007
ポリマ－31,1281
非ポリマー3716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.730, 75.740, 66.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 6 - 274 / Label seq-ID: 6 - 274

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 osmoprotection protein (proX)


分子量: 31128.305 Da / 分子数: 2 / 変異: C1G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: proX / プラスミド: pASK-IBA6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(Codon plus RIL) / 参照: UniProt: O29280
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-TMA / TETRAMETHYLAMMONIUM ION / テトラメチルアンモニウム


分子量: 74.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: zinc acetate, sodium cacodylate, PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 49535 / Num. obs: 49535 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.322 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.25精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SW1

1sw1


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.08 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24544 2443 4.9 %RANDOM
Rwork0.21619 ---
all0.2176 49535 --
obs0.2176 47096 98.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.668 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.83 Å2
2--1.9 Å20 Å2
3----1.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4322 0 17 245 4584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.9815948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77839472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4585538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2998
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.24933
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22804
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2550.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5871.52692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10524330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.83431710
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0724.51618
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1587medium positional0.10.5
2572loose positional0.435
1587medium thermal0.522
2572loose thermal0.9510
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.412 194
Rwork0.378 3451

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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