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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1stn | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE REFINED AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE(PHOSPHORIC DIESTER) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Hynes, T.R. / Fox, R.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1991 タイトル: The crystal structure of staphylococcal nuclease refined at 1.7 A resolution. 著者: Hynes, T.R. / Fox, R.O. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: Transfer of a Beta-Turn Structure to a New Protein Context 著者: Hynes, T.R. / Kautz, R.A. / Goodman, M.A. / Gill, J.F. / Fox, R.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1stn.cif.gz | 39.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1stn.ent.gz | 27.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1stn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1stn_validation.pdf.gz | 361.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1stn_full_validation.pdf.gz | 361.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1stn_validation.xml.gz | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1stn_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1stn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1stn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 117 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16843.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 8.15 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 14893 / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 38517 / Rmerge(I) obs: 0.051 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→8 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.162 / Rfactor Rwork: 0.162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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