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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ss7 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Compensating bends in a 16 base-pair DNA oligomer containing a T3A3 segment | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / B-DNA / double helix / Residual dipolar couplings | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / Restrained molecular dynamics | ![]() McAteer, K. / Aceves-Gaona, A. / Michalczyk, R. / Buchko, G.W. / Isern, N.G. / Silks, L.A. / Miller, J.H. / Kennedy, M.A. | ![]() ![]() タイトル: Compensating bends in a 16-base-pair DNA oligomer containing a T(3)A(3) segment: A NMR study of global DNA curvature 著者: McAteer, K. / Aceves-Gaona, A. / Michalczyk, R. / Buchko, G.W. / Isern, N.G. / Silks, L.A. / Miller, J.H. / Kennedy, M.A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 302.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 248.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 314.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4898.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: Heteronuclear dipolar couplings were measured in samples aligned with filamentous Pf1 bacteriophage |
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試料調製
詳細 | 内容: 1 mM DNA / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 400 mM NaCl, 40mM phosphate / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 308 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: Structures are based on a total of 316 NOE, 90 torsion angle, and 6 distance restraints represented each W-C base-pair. For the RDC structures an additional 88 one-bond C-H and 14 one-bond N- ...詳細: Structures are based on a total of 316 NOE, 90 torsion angle, and 6 distance restraints represented each W-C base-pair. For the RDC structures an additional 88 one-bond C-H and 14 one-bond N-H residual dipolar coupling restraints were used | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 45 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |