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万見
- PDB-1ss2: Solution structure of the second complement control protein (CCP)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ss2
タイトルSolution structure of the second complement control protein (CCP) module of the GABA(B)R1a receptor, Pro-119 cis conformer
要素Gamma-aminobutyric acid type B receptor, subunit 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / GABA(B) receptor / cis-trans isomerisation / CCP module / sushi domain / short consensus repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA B receptor activation / G protein-coupled receptor dimeric complex / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / chemical synaptic transmission, postsynaptic / G protein-coupled GABA receptor activity ...GABA B receptor activation / G protein-coupled receptor dimeric complex / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / chemical synaptic transmission, postsynaptic / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / GABA receptor complex / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of glutamate secretion / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / regulation of glutamate secretion / negative regulation of synaptic transmission / G alpha (i) signalling events / axolemma / GABA-ergic synapse / regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic shaft / synaptic membrane / mitochondrial membrane / response to nicotine / Schaffer collateral - CA1 synapse / osteoblast differentiation / synaptic vesicle / presynapse / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / response to ethanol / dendritic spine / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum membrane / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Blein, S. / Uhrin, D. / Smith, B.O. / White, J.H. / Barlow, P.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural analysis of the complement control protein (CCP) modules of GABA(B) receptor 1a: only one of the two CCP modules is compactly folded.
著者: Blein, S. / Ginham, R. / Uhrin, D. / Smith, B.O. / Soares, D.C. / Veltel, S. / McIlhinney, R.A. / White, J.H. / Barlow, P.N.
履歴
登録2004年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid type B receptor, subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4941
ポリマ－7,4941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 120structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor, subunit 1 / GABA-B receptor 1 / GABA-B-R1 / Gb1


分子量: 7494.419 Da / 分子数: 1 / 断片: sushi 2 (residues 96-159) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GABBR1 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: Q9Z0U4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA

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試料調製

詳細内容: 1mM GABA(B)R1a 2nd CCP module U-15N,13C; 20 mM deuterated sodium acetate, pH 4; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1Variancollection
Azara2.6Boucher, W.解析
ANSIG3.3Kraulis, P.データ解析
CNS1Brunger構造決定
CNS1Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: 1268 unique restraints, 23 dihedral angles (HNHA), 11 hydrogen bonds
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 120 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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