ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | SBC-Collect | | データ収集 | HKL-2000 | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→45.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 392722.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The number of reflections used in the refinement included Friedel pairs
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.32 | 1033 | 4.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.239 | - | - | - |
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obs | 0.239 | 21448 | 89.5 % | - |
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all | - | 23964 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.573 Å2 / ksol: 0.295503 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 54.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -2.28 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -3.13 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 5.41 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.51 Å | 0.41 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.54 Å | 0.58 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.15 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2286 | 0 | 0 | 5 | 2291 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.9 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.406 | 161 | 5.1 % |
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Rwork | 0.367 | 3008 | - |
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obs | - | - | 79.7 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAM | | | | |
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