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万見
- PDB-1sq5: Crystal Structure of E. coli Pantothenate kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sq5
タイトルCrystal Structure of E. coli Pantothenate kinase
要素Pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE / P-loop
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine kinase activity / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pantothenate kinase / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PANTOTHENOIC ACID / Pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ivey, R.A. / Zhang, Y.-M. / Virga, K.G. / Hevener, K. / Lee, R.E. / Rock, C.O. / Jackowski, S. / Park, H.-W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The structure of the pantothenate kinase.ADP.pantothenate ternary complex reveals the relationship between the binding sites for substrate, allosteric regulator, and antimetabolites.
著者: Ivey, R.A. / Zhang, Y.-M. / Virga, K.G. / Hevener, K. / Lee, R.E. / Rock, C.O. / Jackowski, S. / Park, H.-W.
履歴
登録2004年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase
B: Pantothenate kinase
C: Pantothenate kinase
D: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,48012
ポリマ－141,8944
非ポリマー2,5868
水15,943885
1
A: Pantothenate kinase
D: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2406
ポリマ－70,9472
非ポリマー1,2934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
2
B: Pantothenate kinase
ヘテロ分子

B: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2406
ポリマ－70,9472
非ポリマー1,2934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
3
C: Pantothenate kinase
ヘテロ分子

C: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2406
ポリマ－70,9472
非ポリマー1,2934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)181.203, 181.655, 47.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Pantothenate kinase / Pantothenic acid kinase / Rts protein


分子量: 35473.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: COAA, RTS, PANK, B3974, C4933, Z5545, ECS4901 / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6I3, pantothenate kinase
#2: 化合物
ChemComp-PAU / PANTOTHENOIC ACID / N-[(2R)-2,4-DIHYDROXY-3,3-DIMETHYLBUTANOYL]-BETA-ALANINE


タイプ: peptide-like / 分子量: 219.235 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO5
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 70252 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.034 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: MOLEMAN2 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 --
Rwork0.187 --
obs0.187 65592 99.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 29.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.41 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9650 0 168 885 10703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.21 Å / Total num. of bins used: 50 /
Rfactor反射数
Rfree0.243 87
Rwork0.212 776

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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