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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1spr | ||||||
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タイトル | BINDING OF A HIGH AFFINITY PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE TO THE SRC SH2 DOMAIN: CRYSTAL STRUCTURES OF THE COMPLEXED AND PEPTIDE-FREE FORMS | ||||||
![]() | SRC TYROSINE KINASE SH2 DOMAIN | ||||||
![]() | TRANSFERASE(PHOSPHOTRANSFERASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion ...osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion / phosphorylation / innate immune response / signaling receptor binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Waksman, G. / Kuriyan, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of a high affinity phosphotyrosyl peptide to the Src SH2 domain: crystal structures of the complexed and peptide-free forms. 著者: Waksman, G. / Shoelson, S.E. / Pant, N. / Cowburn, D. / Kuriyan, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 396.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 410.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11970.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Alpharetrovirus / 参照: UniProt: P00524 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: seeding | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.46 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 19669 / % possible obs: 89.7 % / Num. measured all: 52494 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.185 / Rfactor obs: 0.185 / 最高解像度: 2.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 19219 / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.185 / Rfactor Rwork: 0.185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3 |