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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sph | ||||||
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タイトル | REFINED STRUCTURES OF THE ACTIVE S83C AND IMPAIRED S46D HPRS: EVIDENCE THAT PHOSPHORYLATION DOES NOT REQUIRE A BACKBONE CONFORMATIONAL TRANSITION | ||||||
要素 | HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of carbohydrate utilization / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Liao, D.-I. / Herzberg, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: Refined structures of the active Ser83-->Cys and impaired Ser46-->Asp histidine-containing phosphocarrier proteins. 著者: Liao, D.I. / Herzberg, O. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992 タイトル: Structure of the Histidine-Containing Phosphocarrier Protein Hpr from Bacillus Subtilis at 2.0-Angstroms Resolution 著者: Herzberg, O. / Reddy, P. / Sutrina, S. / Saier Junior, M.H. / Reizer, J. / Kapadia, G. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Crystallization of the Bacillus Subtilis Histidine-Containing Phosphocarrier Protein Hpr and Some of its Site-Directed Mutants 著者: Kapadia, G. / Reizer, J. / Sutrina, S. / Saier Junior, M.H. / Reddy, P. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sph.cif.gz | 45.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sph.ent.gz | 32.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sph.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sph_validation.pdf.gz | 377 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sph_full_validation.pdf.gz | 383.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1sph_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sph_validation.cif.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/1sph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/1sph | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.67413, -0.02956, -0.73802), ベクター: 詳細 | MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO CHAIN A WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN B. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD M1 A 2 - A 88 B 2 - B 88 0.29 | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9226.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: PTSH / プラスミド: PRE GENE: PTSH / 参照: UniProt: P08877 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Kapadia, G., (1990) J.Mol.Biol., 212, 1. / PH range low: 5.4 / PH range high: 5.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | Num. obs: 9111 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 |
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反射 | *PLUS |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.143 / Rfactor Rwork: 0.143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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