+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1spg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CARBONMONOXY HEMOGLOBIN FROM THE TELEOST FISH LEIOSTOMUS XANTHURUS | ||||||
要素 | (HEMOGLOBIN) x 2 | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / CARBON MONOXIDE / R-STATE / LEIOSTOMUS XANTHURUS / TELEOST FISH / ROOT EFFECT / GLOBIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leiostomus xanthurus (魚類) | ||||||
手法 | X線回折 / INITIAL PHASES FROM THE ISOMORPHOUS PHOSPHATE BOUND SPOT R-STATE HEMOGLOBIN (S. MYLVAGANAM, E. GETZOFF, UNPUBLISHED) / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Mylvaganam, S.E. / Getzoff, E.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Structural basis for the root effect in haemoglobin. 著者: Mylvaganam, S.E. / Bonaventura, C. / Bonaventura, J. / Getzoff, E.D. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1976 タイトル: Spot Hemoglobin. Studies on the Root Effect Hemoglobin of a Marine Teleost 著者: Bonaventura, C. / Sullivan, B. / Bonaventura, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1spg.cif.gz | 76.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1spg.ent.gz | 55.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1spg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1spg_validation.pdf.gz | 545.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1spg_full_validation.pdf.gz | 554.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1spg_validation.xml.gz | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1spg_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/1spg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/1spg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | THERE IS AN ALPHA-BETA DIMER IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE ALPHA-BETA DIMERS ARE RELATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD THAT IS COINCIDENT WITH THE MOLECULAR TWO-FOLD OF THE ALPHA2BETA2 TETRAMER. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15684.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: R-STATE, CARBONMONOXY BOUND ROOT EFFECT HEMOGLOBIN / 由来: (天然) Leiostomus xanthurus (魚類) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P56250 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 16316.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: R-STATE, CARBONMONOXY BOUND ROOT EFFECT HEMOGLOBIN / 由来: (天然) Leiostomus xanthurus (魚類) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P56251 | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293.15 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年11月29日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.95 Å / Num. obs: 16125 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / % possible all: 38 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 27397 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 38 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: INITIAL PHASES FROM THE ISOMORPHOUS PHOSPHATE BOUND SPOT R-STATE HEMOGLOBIN (S. MYLVAGANAM, E. GETZOFF, UNPUBLISHED) 解像度: 1.95→10 Å / σ(F): 4
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|