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- PDB-1spg: CARBONMONOXY HEMOGLOBIN FROM THE TELEOST FISH LEIOSTOMUS XANTHURUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1spg
タイトルCARBONMONOXY HEMOGLOBIN FROM THE TELEOST FISH LEIOSTOMUS XANTHURUS
要素(HEMOGLOBIN) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / CARBON MONOXIDE / R-STATE / LEIOSTOMUS XANTHURUS / TELEOST FISH / ROOT EFFECT / GLOBIN
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Leiostomus xanthurus (魚類)
手法X線回折 / INITIAL PHASES FROM THE ISOMORPHOUS PHOSPHATE BOUND SPOT R-STATE HEMOGLOBIN (S. MYLVAGANAM, E. GETZOFF, UNPUBLISHED) / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Mylvaganam, S.E. / Getzoff, E.D.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Structural basis for the root effect in haemoglobin.
著者: Mylvaganam, S.E. / Bonaventura, C. / Bonaventura, J. / Getzoff, E.D.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1976
タイトル: Spot Hemoglobin. Studies on the Root Effect Hemoglobin of a Marine Teleost
著者: Bonaventura, C. / Sullivan, B. / Bonaventura, J.
履歴
登録1996年2月5日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN
B: HEMOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2906
ポリマ－32,0012
非ポリマー1,2894
水3,153175
1
A: HEMOGLOBIN
B: HEMOGLOBIN
ヘテロ分子

A: HEMOGLOBIN
B: HEMOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,58012
ポリマ－64,0024
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area13510 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area22370 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.600, 75.600, 69.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 141.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THERE IS AN ALPHA-BETA DIMER IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE ALPHA-BETA DIMERS ARE RELATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD THAT IS COINCIDENT WITH THE MOLECULAR TWO-FOLD OF THE ALPHA2BETA2 TETRAMER.

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN / SPOT HEMOGLOBIN / SPOTHBCO


分子量: 15684.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: R-STATE, CARBONMONOXY BOUND ROOT EFFECT HEMOGLOBIN / 由来: (天然) Leiostomus xanthurus (魚類) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P56250
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN / SPOT HEMOGLOBIN / SPOTHBCO


分子量: 16316.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: R-STATE, CARBONMONOXY BOUND ROOT EFFECT HEMOGLOBIN / 由来: (天然) Leiostomus xanthurus (魚類) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P56251
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.01 MTris-HCl11
30.01 Mcalcium acetate11
2PEG600011

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年11月29日
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.95 Å / Num. obs: 16125 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / % possible all: 38
反射
*PLUS
Num. measured all: 27397
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 38 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: INITIAL PHASES FROM THE ISOMORPHOUS PHOSPHATE BOUND SPOT R-STATE HEMOGLOBIN (S. MYLVAGANAM, E. GETZOFF, UNPUBLISHED)
解像度: 1.95→10 Å / σ(F): 4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 -2 %
Rwork0.191 --
obs0.191 13623 65.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 17.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2253 0 90 175 2518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.687
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.76
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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