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- PDB-1so4: Crystal structure of K64A mutant of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1so4
タイトルCrystal structure of K64A mutant of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase with bound L-threonohydroxamate 4-phosphate
要素3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE / TIM Barrel / Beta Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase / 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase activity / L-ascorbic acid catabolic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase, UlaD / HPS/KGPDC domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-THREONOHYDROXAMATE 4-PHOSPHATE / 3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase UlaD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wise, E.L. / Yew, W.S. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Evolution of Enzymatic Activities in the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily: Crystallographic Evidence for a Proton Relay System in the Active Site of 3-Keto-l- ...タイトル: Evolution of Enzymatic Activities in the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily: Crystallographic Evidence for a Proton Relay System in the Active Site of 3-Keto-l-gulonate 6-Phosphate Decarboxylase(,)
著者: Wise, E.L. / Yew, W.S. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
履歴
登録2004年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
B: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6056
ポリマ－47,0902
非ポリマー5154
水10,142563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA
2
A: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
B: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子

A: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
B: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,20912
ポリマ－94,1804
非ポリマー1,0308
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area11120 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area29450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.976, 41.900, 91.322
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.92, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2443-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase / E.C.4.1.2.- / hexulose-6-phosphate synthase / HUMPS / D-arabino 3-hexulose 6-phosphate formaldehyde lyase


分子量: 23544.938 Da / 分子数: 2 / 変異: Lys64Ala / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UlaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P39304, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TX4 / L-THREONOHYDROXAMATE 4-PHOSPHATE


分子量: 233.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 16% PEG 5000 methyl ether, 100 mM BTP pH 7.0, 5 mM MgCl2, Microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.961 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.575→91.29 Å / Num. all: 62079 / Num. obs: 62079 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 25.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.19精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.714 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.085
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20456 3135 6.4 %RANDOM
Rwork0.16194 ---
all0.16402 49331 --
obs0.16402 49331 96.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.022 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å20 Å20.24 Å2
2--1.59 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3267 0 30 563 3860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0213352
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9444554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41337198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1975426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.23802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22051
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2960.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9361.52119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60623384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.56131233
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0464.51170
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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