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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1snq | ||||||
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タイトル | PROTEIN STABILITY IN STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE | ||||||
![]() | STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / NUCLEASE / ENDONUCLEASE / CALCIUM | ||||||
機能・相同性 | ![]() endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Truckses, D.M. / Somoza, J.R. / Markley, J.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Coupling between trans/cis proline isomerization and protein stability in staphylococcal nuclease. 著者: Truckses, D.M. / Somoza, J.R. / Prehoda, K.E. / Miller, S.C. / Markley, J.L. #1: ![]() タイトル: Engineering Alternative Beta-Turn Types in Staphylococcal Nuclease 著者: Hynes, T.R. / Hodel, A. / Fox, R.O. #2: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Staphylococcal Nuclease Refined at 1.7 A Resolution 著者: Hynes, T.R. / Fox, R.O. #3: ![]() タイトル: Coupling between Local Structure and Global Stability of a Protein: Mutants of Staphylococcal Nuclease 著者: Alexandrescu, A.T. / Hinck, A.P. / Markley, J.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 411.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 413.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16738.215 Da / 分子数: 1 / 変異: P47G, P117G / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THIS STAPH NUCLEASE IS FROM THE V8 STRAIN, THEREFORE RESIDUE 124 IS LEU, NOT HIS AS IN THE FOGGI STRAIN 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: V8 / 解説: PET SYSTEM / 遺伝子: NUC / プラスミド: PET3A / 遺伝子 (発現宿主): NUC / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.15 詳細: 10.5 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 20% - 30% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, pH 8.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法詳細: Loll, P.J., (1989) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 5, 183. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 10604 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.0474 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 30773 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 90 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→6 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49.9 Å2 | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 10604 / Num. reflection obs: 9523 / 最高解像度: 1.95 Å | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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