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万見
- PDB-1snp: PROTEIN STABILITY IN STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1snp
タイトルPROTEIN STABILITY IN STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE
要素STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE
キーワードHYDROLASE / NUCLEASE / ENDONUCLEASE / CALCIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


micrococcal nuclease / endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Truckses, D.M. / Somoza, J.R. / Markley, J.L.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Coupling between trans/cis proline isomerization and protein stability in staphylococcal nuclease.
著者: Truckses, D.M. / Somoza, J.R. / Prehoda, K.E. / Miller, S.C. / Markley, J.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Engineering Alternative Beta-Turn Types in Staphylococcal Nuclease
著者: Hynes, T.R. / Hodel, A. / Fox, R.O.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1991
タイトル: The Crystal Structure of Staphylococcal Nuclease Refined at 1.7 A Resolution
著者: Hynes, T.R. / Fox, R.O.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Coupling between Local Structure and Global Stability of a Protein: Mutants of Staphylococcal Nuclease
著者: Alexandrescu, A.T. / Hinck, A.P. / Markley, J.L.
履歴
登録1996年7月6日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7781
ポリマ－16,7781
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.010, 49.010, 63.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE / MICROCOCCAL NUCLEASE


分子量: 16778.277 Da / 分子数: 1 / 変異: P117G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THIS STAPH NUCLEASE IS FROM THE V8 STRAIN, THEREFORE RESIDUE 124 IS LEU, NOT HIS AS IN THE FOGGI STRAIN
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: V8 / 解説: PET SYSTEM / 遺伝子: NUC / プラスミド: PET3A / 遺伝子 (発現宿主): NUC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 8.15
詳細: 10.5 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 20% - 30% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, pH 8.15
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Loll, P.J., (1989) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 5, 183.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
210.5 mMpotassium phosphate1drop
317 %(w/w)MPD1drop
410 mM1dropCaCl2
520 mMpotassium citrate1drop
610.5 mMpotassium phosphate1reservoir
720-30 %(w/w)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 11126 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 36225 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 97.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
R-AXISデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.95→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.255 -
Rwork0.184 -
obs0.184 11126
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1039 0 0 32 1071
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 11126 / Num. reflection obs: 10171
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.632
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.73
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.218
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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