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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1slb | |||||||||
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タイトル | X-RAY CRYSTALLOGRAPHY REVEALS CROSSLINKING OF MAMMALIAN LECTIN (GALECTIN-1) BY BIANTENNARY COMPLEX TYPE SACCHARIDES | |||||||||
![]() | BOVINE GALECTIN-1 | |||||||||
![]() | COMPLEX(LECTIN/SACCHARIDE) / COMPLEX(LECTIN-SACCHARIDE) / COMPLEX(LECTIN-SACCHARIDE) complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / lactose binding / laminin binding / apoptotic process / extracellular space / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Bourne, Y. / Cambillau, C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crosslinking of mammalian lectin (galectin-1) by complex biantennary saccharides. 著者: Bourne, Y. / Bolgiano, B. / Liao, D.I. / Strecker, G. / Cantau, P. / Herzberg, O. / Feizi, T. / Cambillau, C. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Soluble 14kDa Beta-Galactoside-Binding Lectin from Bovine Heart 著者: Bourne, Y. / Bolgiano, B. / Nesa, M.-P. / Penfold, P. / Feizi, T. / Cambillau, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 577.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 590.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | GALECTIN-1 MOLECULE EXISTS AS A DIMER. IN THE MONOCLINIC FORM, THERE ARE TWO DIMERS PRESENT IN THE ASYMMETRIC UNIT. EACH MONOMER CONSISTS OF 134 AMINO ACID RESIDUES, ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS A, B, C, AND D. THE TWO MONOMERS ARE RELATED BY A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS. ONE OLIGOSACCHARIDE UNIT IS PRESENTED PER DIMER. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14627.510 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE N-ACETYLLACTOSAMINE UNIT LOCATED AT THE EXTREMITY OF EACH ANTENNA BINDS TO A DIFFERENT MONOMER ...THE N-ACETYLLACT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.74 % |
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結晶化 | *PLUS pH: 5.5 / 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 20-25 % / 一般名: PEG |
-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 21316 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 59848 / Rmerge(I) obs: 0.11 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→6 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.4 |