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- PDB-1sl6: Crystal Structure of a fragment of DC-SIGNR (containg the carbohy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sl6
タイトルCrystal Structure of a fragment of DC-SIGNR (containg the carbohydrate recognition domain and two repeats of the neck) complexed with Lewis-x.
要素C-type lectin DC-SIGNR
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / DC-SIGNR / C-TYPE LECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell recognition / intracellular transport of virus / peptide antigen transport / ICAM-3 receptor activity / virion binding / leukocyte cell-cell adhesion / pattern recognition receptor activity / antigen processing and presentation / RSV-host interactions / D-mannose binding ...cell-cell recognition / intracellular transport of virus / peptide antigen transport / ICAM-3 receptor activity / virion binding / leukocyte cell-cell adhesion / pattern recognition receptor activity / antigen processing and presentation / RSV-host interactions / D-mannose binding / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / viral genome replication / peptide antigen binding / calcium-dependent protein binding / signaling receptor activity / host cell / virus receptor activity / carbohydrate binding / adaptive immune response / receptor-mediated virion attachment to host cell / intracellular signal transduction / immune response / innate immune response / external side of plasma membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lewis X antigen, alpha anomer / : / C-type lectin domain family 4 member M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Guo, Y. / Feinberg, H. / Conroy, E. / Mitchell, D.A. / Alvarez, R. / Blixt, O. / Taylor, M.E. / Weis, W.I. / Drickamer, K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for distinct ligand-binding and targeting properties of the receptors DC-SIGN and DC-SIGNR
著者: Guo, Y. / Feinberg, H. / Conroy, E. / Mitchell, D.A. / Alvarez, R. / Blixt, O. / Taylor, M.E. / Weis, W.I. / Drickamer, K.
履歴
登録2004年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin DC-SIGNR
B: C-type lectin DC-SIGNR
C: C-type lectin DC-SIGNR
D: C-type lectin DC-SIGNR
E: C-type lectin DC-SIGNR
F: C-type lectin DC-SIGNR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,56636
ポリマ－128,4276
非ポリマー4,13930
水4,252236
1
A: C-type lectin DC-SIGNR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0946
ポリマ－21,4051
非ポリマー6905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: C-type lectin DC-SIGNR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0946
ポリマ－21,4051
非ポリマー6905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: C-type lectin DC-SIGNR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0946
ポリマ－21,4051
非ポリマー6905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: C-type lectin DC-SIGNR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0946
ポリマ－21,4051
非ポリマー6905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: C-type lectin DC-SIGNR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0946
ポリマ－21,4051
非ポリマー6905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: C-type lectin DC-SIGNR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0946
ポリマ－21,4051
非ポリマー6905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.750, 153.750, 128.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
C-type lectin DC-SIGNR


分子量: 21404.506 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A fragment containing the CRD domain and two repeats from the neck domain
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): BL21/DE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 12084795, UniProt: Q9H2X3*PLUS
#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Lewis X antigen / alpha anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis X antigen, alpha anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGalpb1-4]DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 300, 0.2M NaCl, 0.1 Hepes pH=7.5. Protein solution: 10 mg/ml protein, 5mM CaCl2, 10 mM oligosaccharide., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月3日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 83241 / Num. obs: 80306 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rsym value: 0.054
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rsym value: 0.322 / % possible all: 84.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→41.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3723247.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 6102 8.4 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 73013 87.6 %-
all-80292 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.8621 Å2 / ksol: 0.348332 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.33 Å2-4.11 Å20 Å2
2---13.33 Å20 Å2
3---26.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→41.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8256 0 240 236 8732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.292.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 790 8.4 %
Rwork0.299 8666 -
obs--68.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMPROTEIN_BREAK.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAM_NCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5WATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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