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- PDB-1sjw: Structure of polyketide cyclase SnoaL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sjw
タイトルStructure of polyketide cyclase SnoaL
要素nogalonic acid methyl ester cyclase
キーワードLYASE / Anthracyclines / Nogalamycin / SnoaL / aldol condensation / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe / SPINE
機能・相同性
機能・相同性情報


polyketide metabolic process
類似検索 - 分子機能
SnoaL-like polyketide cyclase / Polyketide cyclase SnoaL-like / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NGV / Nogalonic acid methyl ester cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces nogalater (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Sultana, A. / Kallio, P. / Jansson, A. / Wang, J.S. / Neimi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structure of the polyketide cyclase SnoaL reveals a novel mechanism for enzymatic aldol condensation.
著者: Sultana, A. / Kallio, P. / Jansson, A. / Wang, J.S. / Niemi, J. / Schneider, G.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic data of SnoaL, a polyketide cyclase in nogalamycin biosynthesis
著者: Sultana, A. / Kallio, P. / Jansson, A. / Neimi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G.
履歴
登録2004年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Data collection / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS STATE THAT THE SNOAL GENE STARTS EARLIER THAN PREDICTED FROM THE ORIGINALLY ...SEQUENCE THE AUTHORS STATE THAT THE SNOAL GENE STARTS EARLIER THAN PREDICTED FROM THE ORIGINALLY DEPOSITED SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nogalonic acid methyl ester cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1672
ポリマ－16,7891
非ポリマー3781
水2,252125
1
A: nogalonic acid methyl ester cyclase
ヘテロ分子

A: nogalonic acid methyl ester cyclase
ヘテロ分子

A: nogalonic acid methyl ester cyclase
ヘテロ分子

A: nogalonic acid methyl ester cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6698
ポリマ－67,1564
非ポリマー1,5134
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
2
A: nogalonic acid methyl ester cyclase
ヘテロ分子

A: nogalonic acid methyl ester cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3344
ポリマ－33,5782
非ポリマー7572
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.10, 72.00, 65.40
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-356-

HOH

21A-385-

HOH

31A-422-

HOH

41A-431-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the one monomer in the assymetric unit by the operations (-1,-1,0),(-1,0,-1),(0,-1,-1).

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要素

#1: タンパク質 nogalonic acid methyl ester cyclase


分子量: 16788.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces nogalater (バクテリア)
遺伝子: SnoaL / プラスミド: pBAD/hisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: Q9RN59
#2: 化合物 ChemComp-NGV / METHYL 5,7-DIHYDROXY-2-METHYL-4,6,11-TRIOXO-3,4,6,11-TETRAHYDROTETRACENE-1-CARBOXYLATE / NOGALAVIKETONE


分子量: 378.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H14O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, Tris HCl, Na Acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-110.934
シンクロトロンMAX II I71121.099
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 4r1CCD2003年4月14日
BRUKER SMART 10002CCD2002年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9341
21.0991
反射解像度: 1.35→36.03 Å / Num. obs: 35447 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 16.57 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.485 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: Built by ARP/WARP

解像度: 1.35→36.03 Å / Num. parameters: 12538 / Num. restraintsaints: 15347 / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY SHELX
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 2764 -Random
Rwork0.143 ---
all-35948 --
obs-35447 95.72 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å2-1.14 Å21.58 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 1101 / Occupancy sum non hydrogen: 1347.25
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→36.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1169 0 28 125 1322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.15
LS精密化 シェル解像度: 1.35→36.03 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 2764 -
Rwork0.143 --
obs-402458 95.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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