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- PDB-1sjd: x-ray structure of o-succinylbenzoate synthase complexed with n-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sjd
タイトルx-ray structure of o-succinylbenzoate synthase complexed with n-succinyl phenylglycine
要素N-acylamino acid racemase
キーワードLYASE / ISOMERASE / racemase
機能・相同性
機能・相同性情報


O-succinylbenzoate synthase activity / o-succinylbenzoate synthase / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / menaquinone biosynthetic process / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
o-Succinylbenzoate synthase, MenC type 2 / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...o-Succinylbenzoate synthase, MenC type 2 / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-SUCCINYL PHENYLGLYCINE / N-succinylamino acid racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Taylor-Ringia, E.A. / Garrett, J.B. / Gerlt, J.A. / Holden, H.M. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Evolution of Enzymatic Activity in the Enolase Superfamily: Structural Studies of the Promiscuous o-Succinylbenzoate Synthase from Amycolatopsis
著者: Thoden, J.B. / Taylor-Ringia, E.A. / Garrett, J.B. / Gerlt, J.A. / Holden, H.M. / Rayment, I.
履歴
登録2004年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylamino acid racemase
B: N-acylamino acid racemase
C: N-acylamino acid racemase
D: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,30010
ポリマ－157,7934
非ポリマー1,5076
水20,9331162
1
A: N-acylamino acid racemase
B: N-acylamino acid racemase
C: N-acylamino acid racemase
D: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子

A: N-acylamino acid racemase
B: N-acylamino acid racemase
C: N-acylamino acid racemase
D: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,60120
ポリマ－315,5868
非ポリマー3,01512
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)215.200, 215.200, 257.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
N-acylamino acid racemase / o-succinylbenzoate synthase


分子量: 39448.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amycolatopsis sp. (バクテリア) / 遺伝子: AAAR / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: Q44244
#2: 化合物
ChemComp-NPG / N-SUCCINYL PHENYLGLYCINE / N-(3-カルボキシプロピオニル)-D-フェニルグリシン


分子量: 251.235 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, HEPES, MgCl2, n-succinylphenylglycine, pH 8.0, batch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.6525 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2001年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6525 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. all: 186822 / Num. obs: 186822 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 40.1
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.377 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
TNT精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 1sjb

1sjb


解像度: 1.87→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 18681 -RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.202 186821 99.7 %-
all-186821 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11067 0 108 1162 12337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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